More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1599 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1173 aa  657    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1171 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1914  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 		 1166 aa  649    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1082  putative transcription repair coupling factor  41.66 
 
 		 1159 aa  663    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1122 aa  642    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1156 aa  647    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2211  transcription-repair coupling factor  41.45 
 
 		 1176 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1730  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 		 1167 aa  651    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0919435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1291  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.53 
 
 		 1085 aa  1273    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1174 aa  679    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  38.72 
 
 		 1165 aa  654    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1171 aa  647    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1177 aa  648    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1171 aa  661    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 		 1172 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1172 aa  649    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1172 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1173 aa  665    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4388  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.07 
 
 		 1109 aa  1223    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.20511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1149 aa  672    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.58 
 
 		 1111 aa  1257    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3540  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.86 
 
 		 1059 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1599  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 		 1091 aa  2089    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  39.46 
 
 		 1167 aa  654    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.49 
 
 		 1111 aa  1256    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.219097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  39.48 
 
 		 1160 aa  664    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  38.68 
 
 		 1171 aa  659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1172 aa  645    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2366  transcription-repair coupling factor  38.17 
 
 		 1175 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1163 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1132 aa  642    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1165 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0501  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.44 
 
 		 1098 aa  1469    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159333 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.66 
 
 		 1072 aa  735    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1154 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1155 aa  669    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1170 aa  676    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 		 1168 aa  635  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1196 aa  630  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  40.73 
 
 		 1144 aa  631  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1153 aa  631  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1200 aa  631  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1203 aa  629  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 		 1163 aa  627  1e-178  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  38.73 
 
 		 1196 aa  627  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1647  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1198 aa  619  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0790633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1190 aa  612  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1164 aa  594  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1194 aa  595  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  34.33 
 
 		 1157 aa  575  1.0000000000000001e-162  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  34.33 
 
 		 1157 aa  575  1.0000000000000001e-162  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  32.62 
 
 		 1170 aa  572  1e-161  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1157 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1159 aa  561  1e-158  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  33.75 
 
 		 1198 aa  561  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1157 aa  559  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 		 1165 aa  556  1e-156  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1156 aa  555  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1156 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1156 aa  555  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1156 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1156 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1154 aa  549  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0765  transcription-repair coupling factor  28.73 
 
 		 1128 aa  551  1e-155  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.267338  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0250  transcription-repair coupling factor  28.79 
 
 		 1134 aa  552  1e-155  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  35.13 
 
 		 1134 aa  550  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1185 aa  553  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  34.04 
 
 		 1159 aa  548  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1164 aa  548  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  35.58 
 
 		 1157 aa  547  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1149 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1160 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1156 aa  548  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1189 aa  544  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1189 aa  544  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1157 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  34.75 
 
 		 1149 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  33.77 
 
 		 1159 aa  545  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  34.91 
 
 		 1156 aa  545  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1157 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  29.92 
 
 		 1196 aa  543  1e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  35.21 
 
 		 1184 aa  545  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  34.29 
 
 		 1173 aa  543  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  33.53 
 
 		 1164 aa  542  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1189 aa  542  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1189 aa  542  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1575  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1143 aa  542  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221185  normal  0.0233451 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1189 aa  542  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  35.6 
 
 		 1161 aa  542  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1217 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1160 aa  542  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  35.42 
 
 		 1143 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 		 1149 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 		 1147 aa  538  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1146 aa  538  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  34.68 
 
 		 1158 aa  538  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  33.57 
 
 		 1183 aa  536  1e-151  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  34.76 
 
 		 1174 aa  538  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  35.11 
 
 		 1155 aa  539  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  34.61 
 
 		 1150 aa  534  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>