239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0179 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0179  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 155 aa  313  5e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3813  cAMP-dependent protein kinase - catabolite gene activator and regulatory subunit  56.95 
 
 		 172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5297  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.76 
 
 		 154 aa  114  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.390031  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4903  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.85 
 
 		 163 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3494  cyclic nucleotide-binding protein  36.84 
 
 		 173 aa  96.7  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4111  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 		 163 aa  96.7  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4137  cyclic nucleotide-binding protein  36.84 
 
 		 177 aa  96.7  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.252066 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4790  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 170 aa  84.7  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6054  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 159 aa  80.9  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.71 
 
 		 159 aa  63.9  0.0000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  30.09 
 
 		 739 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.37 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  40.86 
 
 		 149 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.17 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.41 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.57 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  34.03 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.21 
 
 		 243 aa  55.1  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  38.71 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  25.41 
 
 		 230 aa  54.3  0.0000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.79 
 
 		 230 aa  53.9  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  26.67 
 
 		 222 aa  53.9  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 		 225 aa  53.5  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  38.71 
 
 		 194 aa  53.9  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.53 
 
 		 224 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 225 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  34.78 
 
 		 198 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  28.24 
 
 		 236 aa  52  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  30.16 
 
 		 228 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 		 234 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  27.83 
 
 		 407 aa  52.4  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.41 
 
 		 225 aa  52.4  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 231 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.69 
 
 		 563 aa  51.6  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  36.27 
 
 		 147 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0030  sulfate transporter  29.13 
 
 		 734 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.127752  normal  0.27039 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1550  protein YieJ  25.87 
 
 		 212 aa  50.8  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.91 
 
 		 225 aa  50.8  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 225 aa  50.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0611  hypothetical protein  27.72 
 
 		 738 aa  50.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 		 227 aa  50.4  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.43 
 
 		 237 aa  50.1  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.96 
 
 		 228 aa  49.7  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 260 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.75 
 
 		 424 aa  49.7  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  28.97 
 
 		 621 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 234 aa  50.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  28.89 
 
 		 308 aa  50.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  32.84 
 
 		 729 aa  50.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  25.42 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  23.78 
 
 		 158 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.62 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3155  cyclic nucleotide-binding protein  30.3 
 
 		 599 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 		 584 aa  48.9  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 577 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  24.64 
 
 		 226 aa  48.9  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  34.62 
 
 		 215 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  25.4 
 
 		 155 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  25.93 
 
 		 225 aa  48.9  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.73 
 
 		 858 aa  48.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2344  cyclic nucleotide-binding domain protein  23.89 
 
 		 164 aa  48.5  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  27.03 
 
 		 221 aa  48.1  0.00004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  27.78 
 
 		 228 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.94 
 
 		 219 aa  48.1  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1978  cyclic nucleotide-binding protein  23.89 
 
 		 164 aa  48.5  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.569361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 		 243 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  48.1  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  48.1  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  25.81 
 
 		 286 aa  48.1  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 		 243 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 147 aa  47.8  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 		 155 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  21.01 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 263 aa  47.4  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  33.65 
 
 		 214 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 141 aa  47.4  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  31.3 
 
 		 210 aa  47.4  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25.37 
 
 		 244 aa  47  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  31.58 
 
 		 210 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 		 487 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  31.07 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.46 
 
 		 408 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  32.38 
 
 		 211 aa  46.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.91 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  30.43 
 
 		 239 aa  47  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  28.23 
 
 		 413 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 232 aa  47  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  29.31 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 		 258 aa  46.2  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 226 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  30.84 
 
 		 598 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>