154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1570 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 424 aa  844    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.3 
 
 		 428 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0150  ribonuclease BN-like family protein  23.63 
 
 		 435 aa  68.6  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4086  putative ribonuclease BN  26.96 
 
 		 487 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.331874 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1100  cyclic nucleotide-binding protein  32.48 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.327334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 		 265 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 		 1075 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.58 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62260  hypothetical protein  28.85 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000560596  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  28.85 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0067  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 		 153 aa  57.4  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.821564  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  36.63 
 
 		 147 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  30.84 
 
 		 154 aa  57  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  36.17 
 
 		 868 aa  57  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 219 aa  56.2  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 		 253 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  25 
 
 		 263 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000370555  unclonable  0.0000216721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3546  cyclic nucleotide-binding  29.13 
 
 		 124 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.194157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  33.33 
 
 		 621 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 141 aa  55.1  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4541  cyclic nucleotide-binding protein  35.71 
 
 		 426 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 149 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  33.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 		 225 aa  54.7  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.58 
 
 		 146 aa  54.3  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 232 aa  53.9  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.65 
 
 		 220 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  28.38 
 
 		 739 aa  53.5  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2946  cyclic nucleotide-binding protein  34.43 
 
 		 369 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360561  normal  0.390891 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 225 aa  53.1  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  27.88 
 
 		 381 aa  53.1  0.000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  32.67 
 
 		 275 aa  53.1  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  33.63 
 
 		 149 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3473  ribonuclease BN  22.86 
 
 		 324 aa  52.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.950669 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 232 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  31.73 
 
 		 148 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.78 
 
 		 624 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  32.08 
 
 		 154 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.51 
 
 		 243 aa  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000366193  normal  0.731263 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.78 
 
 		 231 aa  52.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.82 
 
 		 563 aa  51.6  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  34.26 
 
 		 194 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2523  ribonuclease BN  29.81 
 
 		 349 aa  51.2  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.861907  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 		 1056 aa  50.8  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.09 
 
 		 644 aa  51.2  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  36.59 
 
 		 577 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  31.97 
 
 		 412 aa  50.8  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  31.48 
 
 		 417 aa  50.4  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  30.17 
 
 		 495 aa  50.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  30.43 
 
 		 1177 aa  50.4  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  29.13 
 
 		 160 aa  49.7  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 214 aa  49.3  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  31 
 
 		 157 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  30.36 
 
 		 157 aa  49.7  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  35.63 
 
 		 231 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 227 aa  49.3  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0179  cyclic nucleotide-binding protein  38.75 
 
 		 155 aa  49.3  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 355 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0067  cyclic nucleotide-binding protein  29.13 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.85 
 
 		 215 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4903  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.01 
 
 		 163 aa  48.9  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4790  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 		 170 aa  48.5  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 225 aa  48.9  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  28.57 
 
 		 1048 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.39 
 
 		 225 aa  48.5  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.81 
 
 		 151 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 227 aa  48.9  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  31.13 
 
 		 512 aa  48.5  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1482  hypothetical protein  25.69 
 
 		 401 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.88 
 
 		 227 aa  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0131  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.62 
 
 		 941 aa  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.222865  normal  0.40749 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  26.17 
 
 		 407 aa  47.8  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  34.88 
 
 		 308 aa  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  32.04 
 
 		 155 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.32 
 
 		 243 aa  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0030  sulfate transporter  25.83 
 
 		 734 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.127752  normal  0.27039 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  22.94 
 
 		 215 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1501  hypothetical protein  25.69 
 
 		 401 aa  47  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 		 584 aa  47  0.0006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  28.3 
 
 		 155 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  29 
 
 		 226 aa  46.6  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  24.1 
 
 		 525 aa  46.6  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0251  ribonuclease BN  28.17 
 
 		 333 aa  46.6  0.0009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.16 
 
 		 154 aa  46.6  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  22.94 
 
 		 215 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  24.1 
 
 		 525 aa  46.2  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0750  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 238 aa  46.6  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  28.16 
 
 		 229 aa  46.6  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1731  hypothetical protein  27.66 
 
 		 376 aa  46.2  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  26.58 
 
 		 367 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  27.55 
 
 		 419 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 		 155 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  36.05 
 
 		 222 aa  46.2  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.87 
 
 		 235 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.45 
 
 		 225 aa  45.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  32.93 
 
 		 156 aa  45.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>