More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8335 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
209 aa  413  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
223 aa  111  7.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  35.27 
 
 
223 aa  111  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.78 
 
 
240 aa  107  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.72 
 
 
225 aa  101  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37 
 
 
212 aa  99.4  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.55 
 
 
222 aa  95.1  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.79 
 
 
234 aa  90.1  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
246 aa  86.3  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
252 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.69 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.79 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.88 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.48 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.39 
 
 
225 aa  72.4  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
225 aa  72  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7216  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
246 aa  71.6  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726682  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6885  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.66 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
225 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  30.73 
 
 
215 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.51 
 
 
219 aa  69.3  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  28.8 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.09 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.79 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.41 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.23 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.49 
 
 
242 aa  68.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.34 
 
 
228 aa  67  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 
231 aa  66.6  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  30.69 
 
 
227 aa  67  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.32 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  28.57 
 
 
226 aa  66.6  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.89 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.74 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.12 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  38.46 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.16 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.86 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.72 
 
 
225 aa  65.1  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  29.21 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.69 
 
 
225 aa  65.1  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
234 aa  65.1  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
226 aa  63.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.19 
 
 
225 aa  64.3  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  64.7  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5851  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
242 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930905  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
218 aa  63.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  27.72 
 
 
222 aa  64.3  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 
220 aa  64.3  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.02 
 
 
224 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.34 
 
 
224 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  28.11 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  30.05 
 
 
219 aa  63.2  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
235 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3957  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
289 aa  62.8  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
229 aa  62.4  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.78 
 
 
238 aa  62.8  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  29.07 
 
 
231 aa  62.4  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  28.65 
 
 
214 aa  62  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.88 
 
 
226 aa  62  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.46 
 
 
211 aa  61.6  0.000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.17 
 
 
225 aa  61.6  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.32 
 
 
248 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
225 aa  61.6  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  61.6  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4977  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
234 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111601 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
227 aa  61.2  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0632  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.9 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.65 
 
 
212 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  27.46 
 
 
223 aa  60.1  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
223 aa  60.1  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  30.05 
 
 
224 aa  59.7  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
155 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  27.72 
 
 
214 aa  59.7  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  27.57 
 
 
211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1307  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 
255 aa  59.7  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.385946  normal  0.581272 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  27.03 
 
 
210 aa  59.3  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  27.03 
 
 
210 aa  59.3  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
234 aa  59.3  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.04 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  27.03 
 
 
210 aa  59.3  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>