227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1127 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
163 aa  337  2.9999999999999998e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.54 
 
 
160 aa  150  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2686  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.59 
 
 
161 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.640376  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2344  cyclic nucleotide-binding domain protein  40.76 
 
 
164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1978  cyclic nucleotide-binding protein  40.76 
 
 
164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.569361  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1873  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.86 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222244  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.38 
 
 
225 aa  67  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
246 aa  64.7  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  30.22 
 
 
215 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  34.04 
 
 
225 aa  63.5  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.92 
 
 
228 aa  62.4  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.04 
 
 
226 aa  62.4  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  28.67 
 
 
747 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
228 aa  61.2  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 
224 aa  60.1  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
241 aa  60.5  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  33.71 
 
 
225 aa  60.1  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1292  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.85 
 
 
162 aa  59.7  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.19 
 
 
226 aa  59.3  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.29 
 
 
226 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.99 
 
 
225 aa  58.9  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  29.5 
 
 
215 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.05 
 
 
226 aa  58.5  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.61 
 
 
224 aa  57.4  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
225 aa  56.6  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.47 
 
 
228 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.89 
 
 
141 aa  55.8  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.65 
 
 
224 aa  56.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  24.19 
 
 
236 aa  55.5  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 
182 aa  55.1  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  28.85 
 
 
286 aa  55.1  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  32.69 
 
 
224 aa  55.1  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  37.18 
 
 
225 aa  54.7  0.0000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  27.94 
 
 
413 aa  54.7  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  32.67 
 
 
729 aa  54.7  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  33.33 
 
 
154 aa  54.7  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  34.95 
 
 
355 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.6 
 
 
159 aa  54.7  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.68 
 
 
224 aa  54.3  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.78 
 
 
225 aa  54.3  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
237 aa  53.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  27.27 
 
 
621 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.56 
 
 
224 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.73 
 
 
224 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.97 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  25.58 
 
 
214 aa  53.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.47 
 
 
475 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
227 aa  53.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  31.94 
 
 
225 aa  53.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
225 aa  53.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  32.11 
 
 
233 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
224 aa  52.4  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
226 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.57 
 
 
243 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.79 
 
 
242 aa  51.6  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4111  cyclic nucleotide-binding protein  28.18 
 
 
163 aa  52  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
237 aa  51.6  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.18 
 
 
215 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0235  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.21 
 
 
171 aa  51.2  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.742856 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.19 
 
 
219 aa  50.8  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
225 aa  50.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  23.88 
 
 
322 aa  50.4  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
239 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.77 
 
 
129 aa  50.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
225 aa  50.1  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  24.19 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  23.97 
 
 
239 aa  50.1  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.63 
 
 
220 aa  50.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1521  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
153 aa  50.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000183504  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.57 
 
 
224 aa  50.1  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  33.68 
 
 
224 aa  50.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 
147 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  30.7 
 
 
435 aa  49.7  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  25.36 
 
 
157 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.1 
 
 
225 aa  49.3  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1527  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.18 
 
 
167 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000128576  hitchhiker  0.00383137 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
224 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
230 aa  49.3  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
224 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
224 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
224 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
155 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
224 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  26.47 
 
 
158 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.33 
 
 
644 aa  48.9  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
226 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.48 
 
 
243 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  21.97 
 
 
222 aa  48.9  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11692  transcriptional regulator  28.7 
 
 
244 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.476097 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.48 
 
 
243 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1612  cyclic nucleotide-binding protein  22.76 
 
 
154 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 
225 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1517  cyclic nucleotide-binding protein  22.76 
 
 
154 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0629843  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  22.22 
 
 
570 aa  48.5  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6054  cyclic nucleotide-binding protein  23.14 
 
 
159 aa  48.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507117  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0366  putative sulfate transporter  25.37 
 
 
727 aa  48.1  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.972082  normal  0.273026 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4356  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.78 
 
 
568 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
224 aa  48.1  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>