More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4405 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
148 aa  293  8e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  92.57 
 
 
151 aa  271  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  81.38 
 
 
149 aa  233  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  82.07 
 
 
149 aa  233  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  82.07 
 
 
194 aa  233  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  76.03 
 
 
147 aa  221  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  48.65 
 
 
155 aa  144  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.65 
 
 
155 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  46.26 
 
 
154 aa  140  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  44.22 
 
 
154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  43.15 
 
 
147 aa  124  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  36.49 
 
 
154 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  37.32 
 
 
164 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
153 aa  84  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
153 aa  84  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.85 
 
 
219 aa  81.3  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 
171 aa  80.1  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  33.82 
 
 
570 aa  80.1  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  30.37 
 
 
152 aa  78.2  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  35.65 
 
 
407 aa  76.6  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  30.43 
 
 
563 aa  75.9  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  32.61 
 
 
243 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 
225 aa  75.1  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  33.93 
 
 
265 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
225 aa  71.6  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 
1075 aa  71.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.8 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  33.93 
 
 
265 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
225 aa  70.9  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  31.3 
 
 
160 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 
151 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62260  hypothetical protein  33.93 
 
 
265 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000560596  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.81 
 
 
149 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  31.39 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  31.69 
 
 
160 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.85 
 
 
503 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.21 
 
 
242 aa  68.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 
161 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  31.43 
 
 
165 aa  67.4  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.67 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  30.22 
 
 
350 aa  67.4  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.09 
 
 
148 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  29.84 
 
 
151 aa  67  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  31.69 
 
 
164 aa  67  0.00000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.6 
 
 
644 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2946  cyclic nucleotide-binding protein  33.81 
 
 
369 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360561  normal  0.390891 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.22 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  31.97 
 
 
150 aa  65.5  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.82 
 
 
146 aa  65.5  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.09 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  31.54 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  32.06 
 
 
449 aa  65.1  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  64.3  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.09 
 
 
220 aa  64.3  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  28.06 
 
 
157 aa  64.3  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 
223 aa  63.9  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  24.48 
 
 
177 aa  63.5  0.0000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12585  hypothetical protein  30.43 
 
 
583 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.274213  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
242 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
227 aa  62.8  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
308 aa  62.8  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  30.43 
 
 
322 aa  62.4  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
225 aa  62  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
225 aa  62  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  29.77 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.33 
 
 
224 aa  62  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  31.34 
 
 
149 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.56 
 
 
159 aa  61.6  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
225 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  31.34 
 
 
286 aa  61.6  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.88 
 
 
225 aa  62  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.85 
 
 
224 aa  62  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.68 
 
 
226 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
222 aa  61.2  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2796  cyclic nucleotide-binding protein  32.28 
 
 
453 aa  61.2  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180681  normal  0.733886 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  30.71 
 
 
237 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1243  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.88 
 
 
231 aa  61.2  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00145976  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  32.31 
 
 
454 aa  61.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.67 
 
 
231 aa  61.2  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  29.01 
 
 
238 aa  60.8  0.000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3676  cyclic nucleotide-binding protein  30.6 
 
 
1043 aa  60.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.88824  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  25 
 
 
230 aa  60.8  0.000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.26 
 
 
226 aa  60.5  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 
577 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.86 
 
 
425 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  37.86 
 
 
425 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.17 
 
 
129 aa  60.1  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  30.43 
 
 
224 aa  60.1  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.85 
 
 
224 aa  60.1  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.94 
 
 
224 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.63 
 
 
182 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 
173 aa  60.1  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.67 
 
 
222 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
234 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 
226 aa  59.3  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>