125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4111 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4111  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 163 aa  336  5.9999999999999996e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4903  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  65.64 
 
 		 163 aa  233  9e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3494  cyclic nucleotide-binding protein  41.72 
 
 		 173 aa  145  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4137  cyclic nucleotide-binding protein  41.1 
 
 		 177 aa  143  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.252066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6054  cyclic nucleotide-binding protein  42.11 
 
 		 159 aa  141  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4790  cyclic nucleotide-binding protein  45.22 
 
 		 170 aa  135  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5297  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.45 
 
 		 154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.390031  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0179  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 		 155 aa  96.7  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3813  cAMP-dependent protein kinase - catabolite gene activator and regulatory subunit  30.43 
 
 		 172 aa  72.4  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3069  hypothetical protein  28.07 
 
 		 721 aa  58.5  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2926  hypothetical protein  28.07 
 
 		 721 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  33.33 
 
 		 210 aa  52.4  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.18 
 
 		 163 aa  52  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  34.31 
 
 		 621 aa  50.8  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  35.35 
 
 		 214 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  27.68 
 
 		 739 aa  50.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 211 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0116  cyclic nucleotide-binding protein  26.98 
 
 		 194 aa  49.7  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.143738 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  31.48 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  31.48 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  31.48 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0954  cAMP-regulatory protein  31.91 
 
 		 216 aa  48.9  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575012  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.36 
 
 		 321 aa  48.9  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  28.83 
 
 		 212 aa  48.9  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0030  sulfate transporter  27.27 
 
 		 734 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.127752  normal  0.27039 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  31.48 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.15 
 
 		 215 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4818  cyclic nucleotide-binding protein  27.62 
 
 		 332 aa  48.5  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0931859  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  30.56 
 
 		 210 aa  48.5  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  23.15 
 
 		 215 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  29.73 
 
 		 214 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  48.1  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.58 
 
 		 242 aa  47.8  0.00006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  28.83 
 
 		 214 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  47.8  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  28.7 
 
 		 210 aa  47.8  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  29.63 
 
 		 210 aa  47.4  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  32 
 
 		 211 aa  47.4  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  32 
 
 		 211 aa  47.4  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1915  cyclic nucleotide-binding protein  30.86 
 
 		 329 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.379435  normal  0.183424 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  32.58 
 
 		 528 aa  47  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  32.1 
 
 		 563 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  33.65 
 
 		 214 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  24.76 
 
 		 482 aa  45.8  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1342  cyclic nucleotide-binding  29.9 
 
 		 731 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  23.15 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4577  cAMP-regulatory protein  31.07 
 
 		 214 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.79 
 
 		 146 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.32 
 
 		 223 aa  45.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  29.7 
 
 		 482 aa  45.8  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.59 
 
 		 223 aa  45.8  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03665  sulfate transporter family protein (AFU_orthologue; AFUA_4G12440)  33.71 
 
 		 1053 aa  45.4  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 		 221 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 		 238 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  30.93 
 
 		 482 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 		 225 aa  44.3  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  32 
 
 		 211 aa  44.3  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  27.78 
 
 		 214 aa  44.3  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  30.77 
 
 		 1048 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.86 
 
 		 226 aa  44.3  0.0008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.22 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.63 
 
 		 424 aa  43.9  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 141 aa  43.9  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.89 
 
 		 228 aa  43.9  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  26.73 
 
 		 157 aa  43.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.56 
 
 		 222 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  31.68 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  31 
 
 		 211 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.32 
 
 		 253 aa  43.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  31.33 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  26.57 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 227 aa  42.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  30.43 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 		 487 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0090  cyclic nucleotide-binding protein  35.82 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.247588  normal  0.0443693 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04006  cAMP-regulatory protein  29 
 
 		 222 aa  42.7  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>