More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2894 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  80.5 
 
 
482 aa  789    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
482 aa  983    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2270  cyclic nucleotide-binding protein  48.07 
 
 
477 aa  414  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166052 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  40.93 
 
 
454 aa  339  8e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  27.31 
 
 
801 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  29.12 
 
 
811 aa  158  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.96 
 
 
858 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.59 
 
 
503 aa  97.8  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5160  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.32 
 
 
739 aa  96.3  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.8765  normal  0.911102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.52 
 
 
487 aa  87.4  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  24.84 
 
 
868 aa  84  0.000000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  36.97 
 
 
355 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.46 
 
 
760 aa  80.5  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.44099  normal  0.232019 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  33.79 
 
 
412 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  33.1 
 
 
419 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  30.29 
 
 
482 aa  77.4  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.77 
 
 
409 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  36 
 
 
409 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  37.14 
 
 
412 aa  74.7  0.000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  26.42 
 
 
241 aa  74.3  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
222 aa  74.7  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.94 
 
 
408 aa  74.3  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.11 
 
 
146 aa  73.9  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  32.62 
 
 
154 aa  73.6  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.03 
 
 
141 aa  72  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  34.33 
 
 
222 aa  71.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 
512 aa  70.5  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.6 
 
 
155 aa  70.5  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.09 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  33.6 
 
 
155 aa  70.1  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  26.62 
 
 
1040 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0474  electron transport protein  36.67 
 
 
201 aa  69.7  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 
509 aa  68.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2812  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.24 
 
 
159 aa  68.2  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0501046  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  34.06 
 
 
237 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  28.67 
 
 
157 aa  68.2  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4277  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.29 
 
 
173 aa  67.8  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  33.06 
 
 
495 aa  67.4  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.29 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  28.89 
 
 
357 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 
231 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1037  cyclic nucleotide-binding protein  32.79 
 
 
227 aa  65.5  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.272663 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2720  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
180 aa  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0122897  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  27.87 
 
 
224 aa  65.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 
239 aa  64.7  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 
322 aa  65.1  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  36.89 
 
 
528 aa  65.1  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
226 aa  64.7  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.06 
 
 
425 aa  64.7  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  31.06 
 
 
425 aa  64.7  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36 
 
 
227 aa  64.3  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  31.58 
 
 
419 aa  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.08 
 
 
226 aa  63.5  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4944  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
454 aa  63.5  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658137  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
229 aa  63.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3674  cyclic nucleotide-binding protein  31.48 
 
 
788 aa  63.5  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.301148 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  33.94 
 
 
367 aa  63.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2425  electron transport protein HydN  31.45 
 
 
180 aa  63.5  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  31.2 
 
 
154 aa  63.2  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.85 
 
 
220 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  25.27 
 
 
1018 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3152  electron transport protein HydN  33.72 
 
 
181 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0528498 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.47 
 
 
225 aa  62.8  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
860 aa  63.2  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
225 aa  62.8  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.87 
 
 
224 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  31.43 
 
 
563 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  25.45 
 
 
1177 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  32.77 
 
 
857 aa  62.4  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2994  electron transport protein HydN  33.72 
 
 
181 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426754 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.07 
 
 
228 aa  62.4  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2008  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.92 
 
 
173 aa  62  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
226 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
225 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2963  electron transport protein HydN  33.72 
 
 
181 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1915  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.54 
 
 
189 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.66 
 
 
226 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3029  electron transport protein HydN  33.72 
 
 
181 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.135002  hitchhiker  0.0000568906 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4598  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  29.49 
 
 
674 aa  62  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3045  electron transport protein HydN  33.72 
 
 
181 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.062215 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  27.92 
 
 
413 aa  61.6  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
224 aa  62  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
224 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 
147 aa  61.6  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
225 aa  61.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02563  formate dehydrogenase-H, [4Fe-4S] ferredoxin subunit  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  29.75 
 
 
160 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0976  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.961546  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2849  electron transport protein HydN  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2997  electron transport protein HydN  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1269  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.73 
 
 
180 aa  61.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.88 
 
 
1075 aa  61.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0999  electron transport protein HydN  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184229 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
225 aa  60.8  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3164  electron transport protein HydN  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3963  electron transport protein HydN  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02528  hypothetical protein  33.14 
 
 
175 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4220  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  30.77 
 
 
667 aa  61.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
224 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>