87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5297 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5297  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 154 aa  315  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.390031  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4903  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  48.05 
 
 		 163 aa  150  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3494  cyclic nucleotide-binding protein  46.05 
 
 		 173 aa  148  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4137  cyclic nucleotide-binding protein  46.05 
 
 		 177 aa  147  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.252066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6054  cyclic nucleotide-binding protein  43.59 
 
 		 159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4111  cyclic nucleotide-binding protein  41.45 
 
 		 163 aa  131  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4790  cyclic nucleotide-binding protein  44.74 
 
 		 170 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0179  cyclic nucleotide-binding protein  42.76 
 
 		 155 aa  114  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3813  cAMP-dependent protein kinase - catabolite gene activator and regulatory subunit  36.92 
 
 		 172 aa  90.5  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4763  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.9 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  29.01 
 
 		 739 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2946  cyclic nucleotide-binding protein  34.04 
 
 		 369 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360561  normal  0.390891 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2344  cyclic nucleotide-binding domain protein  26.09 
 
 		 164 aa  50.4  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1978  cyclic nucleotide-binding protein  26.09 
 
 		 164 aa  50.4  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.569361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 253 aa  50.4  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  34.38 
 
 		 222 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 		 212 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1056  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 		 287 aa  48.9  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  25 
 
 		 729 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  26.67 
 
 		 157 aa  48.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 		 234 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  26.72 
 
 		 286 aa  48.1  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 		 222 aa  47.8  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 141 aa  47  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.73 
 
 		 163 aa  47  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  24.48 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.18 
 
 		 563 aa  46.2  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3069  hypothetical protein  23.85 
 
 		 721 aa  46.2  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.15 
 
 		 236 aa  45.8  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.75 
 
 		 321 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 225 aa  45.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 238 aa  45.4  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  28.07 
 
 		 350 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.126759 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 225 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 		 237 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  31.68 
 
 		 225 aa  45.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 212 aa  45.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 		 367 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  32.38 
 
 		 583 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 948 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2270  cyclic nucleotide-binding protein  27.35 
 
 		 477 aa  44.7  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00166052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.83 
 
 		 225 aa  44.3  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 224 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 		 209 aa  44.3  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.44 
 
 		 224 aa  44.3  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 		 221 aa  44.3  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1342  cyclic nucleotide-binding  29.41 
 
 		 731 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 		 581 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  23.58 
 
 		 144 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  28.12 
 
 		 454 aa  43.9  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1519  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 239 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.06 
 
 		 225 aa  43.5  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2926  hypothetical protein  21.6 
 
 		 721 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  27.34 
 
 		 239 aa  43.5  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 		 238 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  23.91 
 
 		 570 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.13 
 
 		 479 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0520  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  27.72 
 
 		 482 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  22.9 
 
 		 160 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 225 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.44 
 
 		 227 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  26.5 
 
 		 749 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 		 227 aa  42.4  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  24.82 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2511  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  32.94 
 
 		 230 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.108981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.41 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.71 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3155  cyclic nucleotide-binding protein  26.12 
 
 		 599 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  27.47 
 
 		 584 aa  41.2  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  28.18 
 
 		 747 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.63 
 
 		 225 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 220 aa  40.8  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  27.72 
 
 		 832 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.52 
 
 		 223 aa  41.2  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5838  cyclic nucleotide-binding  24.14 
 
 		 242 aa  41.2  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.358125  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.79 
 
 		 146 aa  40.8  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 222 aa  41.2  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2350  cyclic nucleotide-binding protein  27.72 
 
 		 832 aa  41.2  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  27.72 
 
 		 832 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.07 
 
 		 489 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11017  hypothetical protein  29 
 
 		 333 aa  40.8  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.210732  normal  0.341372 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0067  cyclic nucleotide-binding protein  28.95 
 
 		 415 aa  40.8  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 217 aa  40.4  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.87 
 
 		 226 aa  40.4  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 424 aa  40.4  0.01  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>