More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1645 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
255 aa  483  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  54.66 
 
 
259 aa  223  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  54.77 
 
 
244 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  51.87 
 
 
244 aa  214  8e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  51.85 
 
 
246 aa  211  7e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  53.31 
 
 
245 aa  208  7e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.07 
 
 
244 aa  206  4e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  54.36 
 
 
243 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  48.78 
 
 
248 aa  194  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  50.41 
 
 
249 aa  193  2e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.59 
 
 
244 aa  193  2e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.63 
 
 
246 aa  190  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.36 
 
 
248 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.36 
 
 
248 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.78 
 
 
248 aa  185  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  47.35 
 
 
252 aa  184  8e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 
246 aa  182  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  48.43 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.47 
 
 
262 aa  172  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  50 
 
 
252 aa  171  7.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.25 
 
 
251 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  50 
 
 
243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.14 
 
 
258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  49 
 
 
253 aa  165  8e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.93 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  43.14 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.49 
 
 
257 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.48 
 
 
262 aa  158  8e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  47.58 
 
 
250 aa  158  8e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.43 
 
 
257 aa  156  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  40.4 
 
 
253 aa  146  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.54 
 
 
242 aa  145  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  33.59 
 
 
265 aa  135  9e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 
244 aa  126  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.16 
 
 
244 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.29 
 
 
263 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.62 
 
 
244 aa  122  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.25 
 
 
249 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  32.75 
 
 
243 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.83 
 
 
230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  37.8 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.94 
 
 
265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.42 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.63 
 
 
244 aa  116  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  36.49 
 
 
246 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.36 
 
 
239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.71 
 
 
246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.33 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.8 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.56 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.93 
 
 
239 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  36.05 
 
 
260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.81 
 
 
240 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  35.11 
 
 
251 aa  112  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.87 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.87 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.87 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.87 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.57 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.43 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  34.33 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.78 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.49 
 
 
246 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 
241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.15 
 
 
239 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  108  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.51 
 
 
240 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  34.56 
 
 
243 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 
247 aa  108  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  37.45 
 
 
291 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 
257 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  30.8 
 
 
246 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
243 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.27 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.25 
 
 
246 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.79 
 
 
253 aa  105  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  32.71 
 
 
242 aa  105  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.54 
 
 
247 aa  105  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
247 aa  105  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
243 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
243 aa  105  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
258 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.14 
 
 
246 aa  105  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.74 
 
 
245 aa  105  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.25 
 
 
243 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  31.39 
 
 
243 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.31 
 
 
243 aa  104  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
243 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
243 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>