289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0598 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
265 aa  534  1e-151  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  67.55 
 
 
265 aa  369  1e-101  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
258 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  39.74 
 
 
257 aa  142  7e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.45 
 
 
253 aa  141  9e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  37.55 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.73 
 
 
262 aa  133  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  37.96 
 
 
245 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.17 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  36.17 
 
 
244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  39.41 
 
 
252 aa  125  6e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  36.11 
 
 
259 aa  125  8.000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.36 
 
 
246 aa  125  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  39.32 
 
 
257 aa  123  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  34.29 
 
 
248 aa  122  8e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.19 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  34.75 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
248 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
248 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  35.62 
 
 
246 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.21 
 
 
244 aa  119  7e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  36.3 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.95 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.58 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 
251 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  31.84 
 
 
255 aa  107  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.09 
 
 
230 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.67 
 
 
247 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  35.42 
 
 
243 aa  102  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.56 
 
 
262 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  31.78 
 
 
252 aa  100  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  33.47 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.65 
 
 
263 aa  94.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  35.02 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 
243 aa  85.1  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.1 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.94 
 
 
246 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.59 
 
 
246 aa  84  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.65 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.19 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  26.92 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.91 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  29.55 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.3 
 
 
249 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  31.2 
 
 
248 aa  81.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  27.51 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.75 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  30.28 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  28.57 
 
 
246 aa  79  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.6 
 
 
244 aa  78.6  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  26.36 
 
 
230 aa  79  0.00000000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
251 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
241 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.3 
 
 
251 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  26.75 
 
 
236 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
244 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  29.15 
 
 
249 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.34 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.9 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.91 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.34 
 
 
256 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.16 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  30.25 
 
 
249 aa  75.9  0.0000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  28.81 
 
 
244 aa  75.9  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.69 
 
 
239 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.47 
 
 
253 aa  75.1  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.88 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.29 
 
 
245 aa  74.7  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  32.13 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
245 aa  74.7  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.06 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.1 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  26.8 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 
241 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.69 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  23.56 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
244 aa  72  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
239 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0668  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.32 
 
 
257 aa  72  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0450086  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.2 
 
 
251 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  26.83 
 
 
246 aa  72  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.73 
 
 
239 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.25 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.59 
 
 
239 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>