More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1573 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
259 aa  494  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  60.42 
 
 
244 aa  252  5.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  57.44 
 
 
244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.92 
 
 
248 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.92 
 
 
248 aa  225  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.92 
 
 
248 aa  225  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  55.37 
 
 
252 aa  222  4e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  53.63 
 
 
248 aa  216  4e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  53.88 
 
 
246 aa  212  5.999999999999999e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.24 
 
 
244 aa  205  6e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.32 
 
 
246 aa  203  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  54.36 
 
 
243 aa  203  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.65 
 
 
244 aa  203  3e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.14 
 
 
251 aa  201  7e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  54.66 
 
 
255 aa  201  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  51.64 
 
 
245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  49.8 
 
 
249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  50 
 
 
256 aa  194  1e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 
246 aa  192  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.28 
 
 
262 aa  184  9e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.44 
 
 
247 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.06 
 
 
257 aa  176  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  53.31 
 
 
243 aa  175  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  43.53 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.15 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  44.98 
 
 
252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.33 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.26 
 
 
257 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  48.02 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48 
 
 
242 aa  149  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.06 
 
 
253 aa  138  7e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.61 
 
 
230 aa  138  7.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.1 
 
 
253 aa  136  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  33.21 
 
 
265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.11 
 
 
265 aa  125  8.000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.27 
 
 
246 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.56 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  41.1 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.56 
 
 
263 aa  115  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  34.71 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  31.56 
 
 
248 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
245 aa  109  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.17 
 
 
245 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  29.41 
 
 
245 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.14 
 
 
246 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.31 
 
 
249 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  35 
 
 
244 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  32.11 
 
 
245 aa  105  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
248 aa  106  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  28.57 
 
 
240 aa  105  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
240 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
239 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.03 
 
 
245 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  34.87 
 
 
251 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
247 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
240 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
239 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.61 
 
 
243 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 
244 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.38 
 
 
246 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.59 
 
 
260 aa  102  5e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
239 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
244 aa  102  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.91 
 
 
239 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.71 
 
 
258 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  31.56 
 
 
251 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.34 
 
 
239 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  38.36 
 
 
242 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  37.66 
 
 
242 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
239 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.45 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
239 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
241 aa  99  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.25 
 
 
260 aa  99  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
244 aa  99  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
243 aa  98.6  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.56 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.41 
 
 
247 aa  98.6  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.82 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.11 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  34.69 
 
 
245 aa  95.9  5e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.83 
 
 
247 aa  95.9  6e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.15 
 
 
244 aa  95.5  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
257 aa  95.5  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.57 
 
 
249 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.44 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.44 
 
 
255 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  29.22 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>