More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_17280 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  100 
 
 
262 aa  496  1e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  46.51 
 
 
257 aa  191  1e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  48.83 
 
 
256 aa  186  4e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.35 
 
 
257 aa  179  4e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.67 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.23 
 
 
258 aa  171  7.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.97 
 
 
244 aa  170  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.91 
 
 
257 aa  167  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  44.62 
 
 
248 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.43 
 
 
244 aa  167  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  46.72 
 
 
252 aa  166  5e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  47.33 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  48.58 
 
 
244 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  44.66 
 
 
246 aa  159  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.56 
 
 
253 aa  159  4e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  44.74 
 
 
244 aa  156  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.67 
 
 
262 aa  156  4e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  35.77 
 
 
265 aa  150  2e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  44.44 
 
 
252 aa  149  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.44 
 
 
248 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  43.41 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  43.03 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.44 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.44 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
246 aa  140  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  45.83 
 
 
243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  45.42 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
251 aa  139  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.46 
 
 
247 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
265 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.13 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.72 
 
 
242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  39.53 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.67 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.48 
 
 
230 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
243 aa  112  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.92 
 
 
248 aa  109  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.68 
 
 
244 aa  107  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.23 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  34.71 
 
 
246 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
244 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.26 
 
 
246 aa  105  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
243 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
243 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  35.47 
 
 
249 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
243 aa  102  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.97 
 
 
251 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.34 
 
 
247 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.3 
 
 
247 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
243 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.51 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.29 
 
 
245 aa  98.6  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
249 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.71 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
241 aa  98.2  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.05 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.73 
 
 
250 aa  97.1  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 
257 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.79 
 
 
249 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.91 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.95 
 
 
251 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  32.16 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.64 
 
 
258 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.44 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.87 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.38 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.31 
 
 
250 aa  93.2  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  29.44 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  27.62 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  26.07 
 
 
245 aa  92.4  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.34 
 
 
260 aa  92  8e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.61 
 
 
249 aa  92  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  28.93 
 
 
251 aa  92  8e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  29.44 
 
 
243 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  29.44 
 
 
243 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.54 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.93 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  28.32 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.75 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.75 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  31.6 
 
 
242 aa  90.1  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>