More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0866 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  100 
 
 
265 aa  542  1e-153  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  67.55 
 
 
265 aa  369  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.2 
 
 
257 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  41.73 
 
 
257 aa  159  4e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
258 aa  154  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  36.3 
 
 
256 aa  151  8.999999999999999e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  35.77 
 
 
262 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  40.46 
 
 
257 aa  146  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.83 
 
 
253 aa  146  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.17 
 
 
253 aa  137  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  37.86 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  34.32 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  34.02 
 
 
249 aa  131  9e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.44 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  34.81 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  38.89 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  33.21 
 
 
259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  36.23 
 
 
244 aa  123  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  32.53 
 
 
255 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.27 
 
 
244 aa  122  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.65 
 
 
246 aa  122  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  34.16 
 
 
246 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.65 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.65 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.21 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  37.87 
 
 
243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  33.91 
 
 
252 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.63 
 
 
230 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.35 
 
 
244 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  33.6 
 
 
250 aa  103  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.35 
 
 
243 aa  102  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.14 
 
 
242 aa  94.7  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.71 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.54 
 
 
239 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
239 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
239 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  30.8 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
239 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
255 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
247 aa  89.4  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  29 
 
 
248 aa  89.4  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
255 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  30.86 
 
 
248 aa  88.6  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.76 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
244 aa  87.8  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.61 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 
249 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.95 
 
 
258 aa  85.5  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
255 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
255 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.13 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.05 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  32.51 
 
 
242 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0100  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.13 
 
 
254 aa  83.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
235 aa  83.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.34 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  27.6 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  26.94 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  29.25 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.61 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.88 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  29.22 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
253 aa  82  0.000000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.72 
 
 
243 aa  82  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.76 
 
 
241 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.72 
 
 
251 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
249 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.76 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  24.8 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.92 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
249 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.72 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.73 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.75 
 
 
249 aa  80.1  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  26.5 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.77 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  27.31 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
240 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.81 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
242 aa  78.2  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 
243 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  24.18 
 
 
247 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>