288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2111 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
242 aa  450  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  59 
 
 
246 aa  239  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  63.04 
 
 
230 aa  228  6e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  57.08 
 
 
244 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  59.24 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  51.45 
 
 
245 aa  199  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  50 
 
 
248 aa  193  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.08 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.04 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  51.3 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.75 
 
 
247 aa  181  7e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.04 
 
 
246 aa  180  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.72 
 
 
257 aa  175  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  49.18 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  44.86 
 
 
257 aa  170  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  49.13 
 
 
259 aa  166  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.03 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.03 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.21 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.46 
 
 
246 aa  161  9e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  49.38 
 
 
252 aa  159  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.77 
 
 
258 aa  158  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  45.27 
 
 
252 aa  157  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.05 
 
 
251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.05 
 
 
262 aa  155  6e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.34 
 
 
262 aa  153  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  44.9 
 
 
249 aa  150  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.39 
 
 
253 aa  149  5e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  45.54 
 
 
255 aa  148  7e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  45.71 
 
 
250 aa  148  7e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.77 
 
 
257 aa  141  9e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  48.16 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.56 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  33.75 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  39.84 
 
 
249 aa  112  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  32.64 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  28.51 
 
 
247 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  35.42 
 
 
291 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.86 
 
 
247 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.71 
 
 
263 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.77 
 
 
239 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.05 
 
 
249 aa  105  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.93 
 
 
257 aa  105  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.07 
 
 
260 aa  103  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
249 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
265 aa  102  5e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.87 
 
 
246 aa  102  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.92 
 
 
250 aa  102  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
246 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
241 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  25.62 
 
 
248 aa  99.8  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.93 
 
 
240 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.92 
 
 
250 aa  99.4  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.6 
 
 
245 aa  99  6e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.24 
 
 
244 aa  99  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 
239 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
240 aa  99  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.61 
 
 
239 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.09 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.47 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  28.57 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  27 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.81 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.17 
 
 
242 aa  96.7  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.9 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
249 aa  95.5  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  27.51 
 
 
242 aa  95.5  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  26.23 
 
 
240 aa  95.1  9e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.43 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.86 
 
 
260 aa  93.6  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.17 
 
 
239 aa  94  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.27 
 
 
243 aa  94  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.57 
 
 
258 aa  93.6  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
244 aa  93.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  26.69 
 
 
243 aa  94  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  30 
 
 
242 aa  93.2  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.22 
 
 
245 aa  93.2  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.21 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.21 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.06 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  32.49 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  92  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.31 
 
 
245 aa  92  8e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.73 
 
 
253 aa  90.1  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.38 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1993  protein of unknown function DUF558  35.08 
 
 
250 aa  89.7  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.049099  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  33.77 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>