More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_11710 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  100 
 
 
253 aa  475  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  48.84 
 
 
256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  46.3 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.89 
 
 
257 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  48.05 
 
 
248 aa  180  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.09 
 
 
262 aa  176  4e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.51 
 
 
257 aa  175  5e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.62 
 
 
258 aa  175  6e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  46.46 
 
 
246 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  48.64 
 
 
252 aa  170  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  45.78 
 
 
244 aa  169  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.08 
 
 
253 aa  160  2e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.94 
 
 
244 aa  159  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  45 
 
 
245 aa  158  8e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  41.6 
 
 
249 aa  154  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  42.17 
 
 
252 aa  150  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
265 aa  149  3e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  37.83 
 
 
265 aa  149  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.39 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.37 
 
 
244 aa  146  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  41.18 
 
 
244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.02 
 
 
262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.49 
 
 
248 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.49 
 
 
248 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  42.44 
 
 
250 aa  142  4e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.08 
 
 
248 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  42.06 
 
 
259 aa  141  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  40.4 
 
 
255 aa  135  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.62 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.35 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  40.08 
 
 
243 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.86 
 
 
242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.72 
 
 
247 aa  129  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.57 
 
 
230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.74 
 
 
243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  33.86 
 
 
246 aa  112  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.45 
 
 
244 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
257 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
246 aa  99  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
244 aa  98.6  8e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.24 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.88 
 
 
250 aa  97.8  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  35.27 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.62 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.33 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
244 aa  96.3  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  96.3  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.02 
 
 
250 aa  95.5  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
255 aa  95.1  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  34.11 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.09 
 
 
249 aa  94  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
244 aa  92.4  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 
255 aa  92  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
246 aa  92  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  33.05 
 
 
250 aa  91.7  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.83 
 
 
260 aa  91.3  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.55 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.13 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.85 
 
 
245 aa  89.4  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.31 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.25 
 
 
245 aa  89  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  89  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.91 
 
 
256 aa  89  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
254 aa  89  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  88.6  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.24 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.25 
 
 
263 aa  87.8  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  30.4 
 
 
251 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  27.92 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.47 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
243 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30.04 
 
 
243 aa  86.3  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 
240 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
243 aa  86.7  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.42 
 
 
243 aa  86.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.23 
 
 
239 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.71 
 
 
244 aa  85.9  6e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  85.9  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
258 aa  85.5  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  30.74 
 
 
244 aa  85.5  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.49 
 
 
255 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.49 
 
 
255 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.77 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.9 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.85 
 
 
246 aa  84  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
255 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
255 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>