More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0840 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  100 
 
 
248 aa  478  1e-134  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  70.97 
 
 
245 aa  319  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  62.9 
 
 
243 aa  268  8.999999999999999e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  58.63 
 
 
246 aa  264  8e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  56.63 
 
 
244 aa  245  4.9999999999999997e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  53.63 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  51.41 
 
 
244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  50 
 
 
257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.8 
 
 
244 aa  207  1e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  48.24 
 
 
256 aa  205  5e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  47.67 
 
 
257 aa  204  9e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.66 
 
 
258 aa  201  7e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.6 
 
 
244 aa  198  6e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  48 
 
 
252 aa  193  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.95 
 
 
246 aa  193  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.99 
 
 
251 aa  192  5e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.39 
 
 
246 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.1 
 
 
257 aa  190  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  49.61 
 
 
252 aa  185  6e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  46.64 
 
 
249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.61 
 
 
247 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.27 
 
 
253 aa  178  7e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.88 
 
 
248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.88 
 
 
248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.88 
 
 
248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  48.78 
 
 
255 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.33 
 
 
242 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  46.43 
 
 
250 aa  171  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.83 
 
 
262 aa  169  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.62 
 
 
262 aa  168  9e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.79 
 
 
230 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.84 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  48.79 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  34.81 
 
 
265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  38.03 
 
 
246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.36 
 
 
244 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.29 
 
 
265 aa  122  7e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.23 
 
 
257 aa  121  9e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  31.2 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.63 
 
 
246 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  34.41 
 
 
244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.29 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.16 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.24 
 
 
239 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.52 
 
 
263 aa  116  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.43 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.08 
 
 
243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.43 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  30.2 
 
 
243 aa  112  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.98 
 
 
246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  32.49 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.22 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.99 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.67 
 
 
244 aa  108  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  33.07 
 
 
249 aa  108  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.1 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.85 
 
 
249 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.5 
 
 
239 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  31.28 
 
 
243 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.36 
 
 
239 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 
244 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.07 
 
 
260 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.43 
 
 
245 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.35 
 
 
239 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.31 
 
 
243 aa  105  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.5 
 
 
239 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
243 aa  105  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.4 
 
 
249 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
244 aa  105  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.13 
 
 
246 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
258 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.8 
 
 
251 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.63 
 
 
243 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
239 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  29.2 
 
 
242 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
244 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.41 
 
 
245 aa  103  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.25 
 
 
247 aa  102  4e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  34.55 
 
 
291 aa  102  5e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.81 
 
 
243 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.33 
 
 
250 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.33 
 
 
248 aa  102  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  26.53 
 
 
247 aa  102  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.78 
 
 
239 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.84 
 
 
240 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
240 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 
243 aa  101  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  28.4 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  28.4 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  35.39 
 
 
243 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.83 
 
 
244 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.41 
 
 
243 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
249 aa  101  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>