More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2764 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
252 aa  490  9.999999999999999e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.37 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.37 
 
 
248 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.37 
 
 
248 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  57.09 
 
 
244 aa  237  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  53.97 
 
 
249 aa  236  2e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.43 
 
 
251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  55.37 
 
 
259 aa  231  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.1 
 
 
246 aa  224  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  52.42 
 
 
245 aa  205  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.82 
 
 
262 aa  205  6e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  48 
 
 
248 aa  199  3e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  46.18 
 
 
246 aa  194  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  46.96 
 
 
244 aa  192  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  49.59 
 
 
243 aa  192  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.78 
 
 
244 aa  181  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.28 
 
 
246 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  52.65 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  47.35 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.72 
 
 
244 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  44.96 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.39 
 
 
258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.55 
 
 
247 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  43.85 
 
 
257 aa  163  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  43.63 
 
 
257 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.86 
 
 
262 aa  159  4e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  44.92 
 
 
252 aa  157  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.81 
 
 
242 aa  156  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.41 
 
 
253 aa  154  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.56 
 
 
257 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  45.96 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  43.93 
 
 
253 aa  137  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.71 
 
 
230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  31.25 
 
 
246 aa  124  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  33.91 
 
 
265 aa  120  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.07 
 
 
258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
249 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  32.87 
 
 
245 aa  116  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.7 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.78 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  33.61 
 
 
246 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.02 
 
 
250 aa  106  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.35 
 
 
246 aa  106  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.65 
 
 
239 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
245 aa  105  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.05 
 
 
260 aa  105  9e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.11 
 
 
249 aa  104  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
244 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
263 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.2 
 
 
239 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.29 
 
 
246 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  28.77 
 
 
240 aa  101  9e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.09 
 
 
248 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 
257 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.37 
 
 
246 aa  98.6  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.98 
 
 
241 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  25.43 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  36.56 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.94 
 
 
239 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.29 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  36.02 
 
 
250 aa  96.3  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.72 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.78 
 
 
249 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
245 aa  95.5  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
253 aa  95.1  8e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.96 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  29.57 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  36.75 
 
 
242 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.17 
 
 
250 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 
247 aa  94  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.82 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.84 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  29.57 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.2 
 
 
248 aa  93.2  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.79 
 
 
250 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.37 
 
 
249 aa  92.4  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
244 aa  92  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  32 
 
 
251 aa  91.7  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  31.51 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.31 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.11 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  33.33 
 
 
239 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.26 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>