More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7056 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
247 aa  481  1e-135  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  56.68 
 
 
246 aa  246  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  56.97 
 
 
244 aa  241  6e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  57.49 
 
 
245 aa  236  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  54.1 
 
 
243 aa  222  4.9999999999999996e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  52.61 
 
 
248 aa  216  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.65 
 
 
246 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 
244 aa  207  8e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  52.44 
 
 
259 aa  204  1e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 
244 aa  203  2e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  49.39 
 
 
244 aa  189  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.75 
 
 
242 aa  184  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  45.14 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  47.62 
 
 
255 aa  179  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.02 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  43.36 
 
 
257 aa  176  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  46.55 
 
 
252 aa  176  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  48.4 
 
 
252 aa  176  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.19 
 
 
258 aa  176  4e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.39 
 
 
248 aa  175  8e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.39 
 
 
248 aa  175  8e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.39 
 
 
248 aa  174  9e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  48.72 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.87 
 
 
257 aa  172  5e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.27 
 
 
246 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  52.4 
 
 
243 aa  169  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.44 
 
 
230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  42.34 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  43.46 
 
 
262 aa  162  6e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.43 
 
 
253 aa  160  2e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.71 
 
 
262 aa  160  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  41.18 
 
 
257 aa  157  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.09 
 
 
253 aa  148  8e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.18 
 
 
265 aa  125  8.000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.78 
 
 
249 aa  115  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.1 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  31.15 
 
 
265 aa  111  9e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.79 
 
 
244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
247 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.33 
 
 
246 aa  108  1e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
246 aa  105  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.33 
 
 
260 aa  105  6e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
249 aa  105  7e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  35.41 
 
 
291 aa  103  3e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.48 
 
 
263 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
247 aa  103  4e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 
257 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.04 
 
 
249 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.17 
 
 
246 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  35.39 
 
 
246 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
241 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0197  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.23 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000890176  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  35.32 
 
 
249 aa  99  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
243 aa  98.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  31.94 
 
 
251 aa  97.1  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  28 
 
 
247 aa  95.9  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.08 
 
 
254 aa  95.1  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
245 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.58 
 
 
246 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
243 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.9 
 
 
245 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.98 
 
 
242 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.59 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.64 
 
 
243 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  27.07 
 
 
246 aa  93.2  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.05 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  32.14 
 
 
244 aa  92.8  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.36 
 
 
247 aa  92.8  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
250 aa  92.8  5e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.3 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
242 aa  92  7e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
243 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
249 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
246 aa  91.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.84 
 
 
245 aa  91.7  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.32 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
249 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.42 
 
 
245 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.88 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.51 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.88 
 
 
239 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.68 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.33 
 
 
245 aa  89.7  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
255 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  29 
 
 
251 aa  89.4  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  32.27 
 
 
244 aa  88.6  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.53 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.78 
 
 
255 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>