More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_0197 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008532  STER_0197  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
247 aa  501  1e-141  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000890176  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  75.1 
 
 
246 aa  386  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.37 
 
 
250 aa  240  1e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.16 
 
 
249 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.37 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.75 
 
 
249 aa  182  6e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.57 
 
 
258 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.78 
 
 
249 aa  179  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.78 
 
 
249 aa  178  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  41.13 
 
 
246 aa  177  9e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.78 
 
 
249 aa  178  9e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.16 
 
 
249 aa  176  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.16 
 
 
249 aa  176  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.18 
 
 
249 aa  177  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.16 
 
 
249 aa  176  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.16 
 
 
249 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.16 
 
 
249 aa  175  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.8 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.8 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.15 
 
 
253 aa  169  5e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1187  hypothetical protein  34.94 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.440639  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.38 
 
 
249 aa  124  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  31.3 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  39.45 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
245 aa  115  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.77 
 
 
242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.59 
 
 
250 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 
257 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
247 aa  108  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  28.16 
 
 
248 aa  108  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  32.58 
 
 
242 aa  106  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.02 
 
 
243 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  30.52 
 
 
246 aa  105  8e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
246 aa  104  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  33.18 
 
 
251 aa  102  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
247 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  30.49 
 
 
247 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  27.57 
 
 
251 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.5 
 
 
249 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
243 aa  98.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
243 aa  98.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
243 aa  98.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30.18 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.34 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.34 
 
 
246 aa  97.8  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
241 aa  97.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
251 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.6 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.86 
 
 
263 aa  96.7  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  30.36 
 
 
233 aa  97.1  3e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.57 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
249 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
243 aa  95.1  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  30.36 
 
 
242 aa  95.1  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
243 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.72 
 
 
244 aa  94.4  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl303  hypothetical protein  32.65 
 
 
238 aa  94  2e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  7.40714e-31  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  31.3 
 
 
248 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  27.13 
 
 
249 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  30.53 
 
 
248 aa  94  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  31.49 
 
 
245 aa  93.2  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.7 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  33.63 
 
 
249 aa  92.8  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
251 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.43 
 
 
244 aa  92.4  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
243 aa  92  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  28.64 
 
 
245 aa  92  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
243 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 
244 aa  91.7  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  34.54 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.06 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  29.91 
 
 
235 aa  89.7  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.02 
 
 
260 aa  89.4  4e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  33.77 
 
 
245 aa  89.4  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
251 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  26.21 
 
 
249 aa  89  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  30.13 
 
 
242 aa  89  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.81 
 
 
244 aa  88.6  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  30.43 
 
 
248 aa  88.2  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.68 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
258 aa  87.8  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.22 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  28.51 
 
 
242 aa  87  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>