More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_13560 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  100 
 
 		 243 aa  467  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  59.92 
 
 		 244 aa  245  4.9999999999999997e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.92 
 
 		 244 aa  218  8.999999999999998e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.74 
 
 		 244 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  53.31 
 
 		 259 aa  207  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.61 
 
 		 248 aa  201  7e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  55.9 
 
 		 244 aa  201  8e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  52.65 
 
 		 252 aa  201  8e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.61 
 
 		 248 aa  201  9e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.61 
 
 		 248 aa  201  9e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  51.72 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.88 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.43 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  48.79 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.61 
 
 		 262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.44 
 
 		 246 aa  178  9e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  46.15 
 
 		 249 aa  177  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  50 
 
 		 255 aa  176  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.4 
 
 		 247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  52.17 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  52.19 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  48.55 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.76 
 
 		 258 aa  165  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  45.49 
 
 		 257 aa  162  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.99 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.8 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.67 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.25 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.74 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  47.39 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  43.64 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.74 
 
 		 230 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.26 
 
 		 253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  32.34 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  37.8 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.56 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.02 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.38 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  35 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.78 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.15 
 
 		 258 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32 
 
 		 249 aa  105  9e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.59 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.96 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  33.07 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.27 
 
 		 249 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  34.68 
 
 		 248 aa  99.8  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.25 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.91 
 
 		 246 aa  99.4  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.77 
 
 		 248 aa  99.4  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.15 
 
 		 253 aa  99  7e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0248  protein of unknown function DUF558  36.09 
 
 		 253 aa  98.6  8e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0226  hypothetical protein  32.91 
 
 		 253 aa  98.6  8e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.37 
 
 		 251 aa  98.2  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  35.51 
 
 		 244 aa  97.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.32 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  28.95 
 
 		 247 aa  98.2  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.49 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.73 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.61 
 
 		 255 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.25 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  40.09 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.8 
 
 		 263 aa  96.3  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 248 aa  96.3  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.35 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.75 
 
 		 245 aa  95.9  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.9 
 
 		 255 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.9 
 
 		 255 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.61 
 
 		 255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  27.47 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.73 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  37.99 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  31.17 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  33.05 
 
 		 243 aa  94.4  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.51 
 
 		 243 aa  94.4  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.16 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.99 
 
 		 254 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 		 244 aa  93.6  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  32.47 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.53 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  28.28 
 
 		 248 aa  93.2  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.67 
 
 		 244 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  29.87 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 		 255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.16 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 		 244 aa  92  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>