More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3272 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  96.01 
 
 
376 aa  724    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  100 
 
 
376 aa  749    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  71.81 
 
 
376 aa  537  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  69.15 
 
 
376 aa  518  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  63.3 
 
 
376 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  57.98 
 
 
376 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  60.16 
 
 
375 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  53.58 
 
 
373 aa  397  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0920  ABC-2 type transporter  54.26 
 
 
376 aa  338  9e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.518017 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  44.68 
 
 
377 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  45.65 
 
 
376 aa  322  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  43.77 
 
 
378 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1910  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  42.67 
 
 
376 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170149  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2393  ABC-2 type transporter  41.33 
 
 
369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  37.77 
 
 
377 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  40.27 
 
 
376 aa  273  4.0000000000000004e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2155  ABC-2 type transporter  38.69 
 
 
435 aa  272  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  38.4 
 
 
370 aa  271  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  40.05 
 
 
368 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  41.07 
 
 
376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  41.02 
 
 
377 aa  269  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  39.47 
 
 
369 aa  267  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  39.47 
 
 
369 aa  267  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  44.15 
 
 
364 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  39.95 
 
 
405 aa  266  5.999999999999999e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4695  ABC-2 type transporter  39.95 
 
 
370 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.595113 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2837  ABC-2 type transporter  38.11 
 
 
370 aa  259  4e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.273381  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  39.1 
 
 
379 aa  259  6e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  38.93 
 
 
377 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  38.34 
 
 
377 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  35.48 
 
 
372 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  38.67 
 
 
369 aa  251  1e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3115  ABC transporter, inner membrane subunit  38.54 
 
 
383 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3224  ABC-2 type transporter  38.48 
 
 
383 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.13853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  38.67 
 
 
378 aa  249  4e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  38.56 
 
 
380 aa  249  5e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3309  ABC-2 type transporter  38.48 
 
 
383 aa  249  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  36.8 
 
 
378 aa  249  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  38.3 
 
 
369 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1781  ABC transporter, inner membrane subunit  39.2 
 
 
365 aa  247  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  38.13 
 
 
371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  36.36 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3253  ABC-2 type transporter  37.77 
 
 
369 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0790326  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  37.93 
 
 
377 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3003  ABC-2 type transporter  37.63 
 
 
370 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  38.57 
 
 
377 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  38.03 
 
 
377 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  37.36 
 
 
378 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  34.95 
 
 
376 aa  239  5e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0132  ABC-2 type transporter  36.46 
 
 
370 aa  239  5.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  41.88 
 
 
369 aa  238  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  37.8 
 
 
370 aa  236  5.0000000000000005e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  32.71 
 
 
368 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 
368 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  34.32 
 
 
369 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1106  ABC-2 type transporter  37.43 
 
 
379 aa  230  4e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.762924 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  33.24 
 
 
368 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0698  hypothetical protein  32.7 
 
 
374 aa  229  8e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4064  ABC-2 type transporter  36.07 
 
 
371 aa  228  1e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  33.24 
 
 
368 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  33.95 
 
 
370 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  32.98 
 
 
368 aa  226  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  33.06 
 
 
368 aa  226  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1017  ABC-2 type transporter  37.11 
 
 
372 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  31.48 
 
 
378 aa  225  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1268  multidrug ABC transporter permease component  36.83 
 
 
372 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0273495  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  36.68 
 
 
375 aa  223  3e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1302  ABC-2 type transporter  35.6 
 
 
372 aa  223  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  34.04 
 
 
378 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  32.18 
 
 
366 aa  222  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  31.9 
 
 
368 aa  222  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  31.65 
 
 
368 aa  222  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  31.9 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  31.9 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  31.9 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  31.9 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0718  hypothetical protein  32.68 
 
 
356 aa  220  3e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  36.54 
 
 
382 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  38.16 
 
 
367 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00580  ABC-2 type transport system permease protein  33.51 
 
 
369 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0449353  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  35.08 
 
 
375 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  35.61 
 
 
368 aa  218  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  37.02 
 
 
427 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  35.71 
 
 
381 aa  218  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  37.27 
 
 
369 aa  218  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  32.17 
 
 
371 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8101  ABC-2 type transporter  32.44 
 
 
368 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1078  putative ABC transport system, membrane protein  37.54 
 
 
373 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  31.22 
 
 
378 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  36.67 
 
 
379 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3708  ABC-2 type transporter  35.41 
 
 
374 aa  212  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  33.94 
 
 
375 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  36.58 
 
 
371 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>