More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3708 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3708  ABC-2 type transporter  100 
 
 
374 aa  740    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1268  multidrug ABC transporter permease component  78.38 
 
 
372 aa  577  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0273495  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1302  ABC-2 type transporter  78.38 
 
 
372 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1017  ABC-2 type transporter  77.84 
 
 
372 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  49.32 
 
 
371 aa  345  7e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3253  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 
369 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0790326  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4695  ABC-2 type transporter  48.91 
 
 
370 aa  342  7e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.595113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3003  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 
370 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0132  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 
370 aa  338  9.999999999999999e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0698  hypothetical protein  45.78 
 
 
374 aa  323  2e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0718  hypothetical protein  45.22 
 
 
356 aa  312  4.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  42.62 
 
 
368 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  42.62 
 
 
368 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  42.62 
 
 
368 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  42.62 
 
 
368 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  42.62 
 
 
368 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  42.66 
 
 
370 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  42.62 
 
 
368 aa  299  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  41.87 
 
 
368 aa  299  7e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  41.8 
 
 
368 aa  298  8e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  41.46 
 
 
368 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1490  ABC-2 type transporter  41.44 
 
 
384 aa  294  2e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.726724  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  44.14 
 
 
369 aa  292  8e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  44.14 
 
 
369 aa  292  8e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8101  ABC-2 type transporter  41.8 
 
 
368 aa  289  7e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  41.43 
 
 
368 aa  287  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  41.43 
 
 
368 aa  287  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  40.48 
 
 
378 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  39.56 
 
 
366 aa  285  8e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  40.48 
 
 
378 aa  282  8.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  40.66 
 
 
368 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2837  ABC-2 type transporter  40 
 
 
370 aa  265  8e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.273381  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2393  ABC-2 type transporter  41.14 
 
 
369 aa  262  8e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0262  ABC-type multidrug transport system permease component  41.71 
 
 
352 aa  261  2e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  39.94 
 
 
372 aa  256  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2514  ABC-2 type transporter  38.13 
 
 
374 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2155  ABC-2 type transporter  37.56 
 
 
435 aa  253  3e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1781  ABC transporter, inner membrane subunit  41.44 
 
 
365 aa  247  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  38.07 
 
 
376 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  37.89 
 
 
373 aa  243  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  35.64 
 
 
376 aa  242  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  41 
 
 
370 aa  238  1e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4064  ABC-2 type transporter  35.36 
 
 
371 aa  238  2e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  36.36 
 
 
376 aa  233  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  36.06 
 
 
369 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  37.78 
 
 
376 aa  231  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00580  ABC-2 type transport system permease protein  37.46 
 
 
369 aa  229  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0449353  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  35.14 
 
 
376 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  37.77 
 
 
371 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  35.41 
 
 
376 aa  225  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1477  ABC-2 type transporter  33.05 
 
 
371 aa  225  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  33.43 
 
 
377 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  36.03 
 
 
378 aa  212  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  35.23 
 
 
375 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0348  ABC-type multidrug transport system permease component  32.39 
 
 
346 aa  207  3e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  34.68 
 
 
370 aa  206  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  34.43 
 
 
376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  38.94 
 
 
364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 
366 aa  200  3e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  34.96 
 
 
376 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  34.78 
 
 
376 aa  192  6e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1910  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  33.33 
 
 
376 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170149  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  32.55 
 
 
379 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0920  ABC-2 type transporter  36.72 
 
 
376 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.518017 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  32.86 
 
 
378 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.71 
 
 
377 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  33.06 
 
 
377 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  31.85 
 
 
369 aa  178  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  31.28 
 
 
379 aa  176  4e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  32.71 
 
 
377 aa  176  7e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  32.38 
 
 
383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  31.28 
 
 
378 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  31.87 
 
 
378 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  31.12 
 
 
382 aa  173  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  29.37 
 
 
378 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  29.11 
 
 
369 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  31.61 
 
 
405 aa  170  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 
380 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  33.04 
 
 
369 aa  170  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  29.87 
 
 
379 aa  170  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  31.38 
 
 
384 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  31.12 
 
 
377 aa  170  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  33.05 
 
 
377 aa  169  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  29.95 
 
 
378 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  32.01 
 
 
378 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  31.7 
 
 
381 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  31.83 
 
 
382 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  28.13 
 
 
376 aa  164  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  31.36 
 
 
376 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2920  ABC-2 type transporter  30.14 
 
 
371 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.827824  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  26.29 
 
 
388 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  31.94 
 
 
374 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  30.95 
 
 
391 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>