More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0054 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  83.76 
 
 		 381 aa  669    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 388 aa  780    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  96.39 
 
 		 387 aa  734    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  75.58 
 
 		 382 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  72.85 
 
 		 384 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  71.8 
 
 		 384 aa  578  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  72.44 
 
 		 384 aa  577  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  72.18 
 
 		 384 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  69.82 
 
 		 378 aa  555  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  65.27 
 
 		 380 aa  528  1e-149  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  61.54 
 
 		 378 aa  456  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  58.89 
 
 		 374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  53.77 
 
 		 379 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  53.52 
 
 		 376 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  52.76 
 
 		 378 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  47.51 
 
 		 378 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  49.61 
 
 		 390 aa  370  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  51.82 
 
 		 382 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  48.54 
 
 		 378 aa  358  8e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  50.79 
 
 		 368 aa  354  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  47.51 
 
 		 371 aa  353  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  46.44 
 
 		 390 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  45.62 
 
 		 385 aa  343  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  45.14 
 
 		 377 aa  340  2e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  45.09 
 
 		 385 aa  339  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  45.91 
 
 		 390 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  45.41 
 
 		 377 aa  336  3.9999999999999995e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  47.91 
 
 		 691 aa  335  7.999999999999999e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  45.91 
 
 		 390 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  43.83 
 
 		 378 aa  321  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  41.38 
 
 		 369 aa  293  3e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  41.34 
 
 		 381 aa  279  7e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  35.34 
 
 		 378 aa  276  5e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  35.34 
 
 		 378 aa  275  7e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  40.74 
 
 		 373 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  41.47 
 
 		 365 aa  273  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  40.74 
 
 		 373 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  40.48 
 
 		 373 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  40.48 
 
 		 373 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  40.48 
 
 		 373 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  40.16 
 
 		 373 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  40.21 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  40.77 
 
 		 382 aa  269  5.9999999999999995e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  39.63 
 
 		 369 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  40.26 
 
 		 366 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  39.9 
 
 		 373 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  39.9 
 
 		 373 aa  266  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  42.45 
 
 		 370 aa  266  4e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  39.63 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  40.9 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  38.58 
 
 		 367 aa  260  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  38.32 
 
 		 371 aa  259  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  38.48 
 
 		 369 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  38.68 
 
 		 380 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  35.81 
 
 		 379 aa  248  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  39.21 
 
 		 380 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  39.27 
 
 		 375 aa  245  8e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  35.54 
 
 		 373 aa  220  3e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  35.2 
 
 		 373 aa  216  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  35.77 
 
 		 378 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  34.2 
 
 		 405 aa  213  5.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  32.55 
 
 		 369 aa  211  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  31.93 
 
 		 366 aa  209  9e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  34.47 
 
 		 369 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  32.98 
 
 		 377 aa  202  6e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  31.66 
 
 		 376 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  31.03 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  31.03 
 
 		 376 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  32.37 
 
 		 373 aa  199  9e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  30.65 
 
 		 378 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  31.93 
 
 		 376 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  33.69 
 
 		 377 aa  197  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  30.54 
 
 		 377 aa  197  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  31.48 
 
 		 376 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  32.01 
 
 		 376 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  32.28 
 
 		 370 aa  196  7e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  30.29 
 
 		 379 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  32.31 
 
 		 379 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  31.3 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  31.3 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  30.59 
 
 		 368 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  31.83 
 
 		 375 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  31.41 
 
 		 371 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  31.41 
 
 		 371 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  30.89 
 
 		 376 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  33.16 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  31.3 
 
 		 375 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  29.76 
 
 		 368 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2920  ABC-2 type transporter  30.16 
 
 		 371 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.827824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  30.05 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  31.95 
 
 		 377 aa  184  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  31.56 
 
 		 378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  30.26 
 
 		 376 aa  183  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  33.04 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  30.84 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  30.84 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  31.23 
 
 		 378 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  30.84 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  30.84 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  30.84 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>