More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0879 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  100 
 
 
376 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  100 
 
 
376 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  91.98 
 
 
377 aa  708    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  94.09 
 
 
377 aa  690    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  99.73 
 
 
376 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  93.82 
 
 
377 aa  689    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  100 
 
 
376 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  100 
 
 
376 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  78.13 
 
 
391 aa  604  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  81.28 
 
 
384 aa  602  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  77.07 
 
 
391 aa  596  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2422  ABC-2 type transporter  74.67 
 
 
379 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  79.3 
 
 
391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  79.03 
 
 
391 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2513  ABC-2 type transporter  74.73 
 
 
381 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.865231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  47.86 
 
 
379 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  49.32 
 
 
375 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  49.21 
 
 
375 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  48.51 
 
 
378 aa  362  7.0000000000000005e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  46.77 
 
 
379 aa  353  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  46.77 
 
 
376 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  46.22 
 
 
371 aa  332  5e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  46.22 
 
 
371 aa  332  5e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4696  ABC-2 type transporter  47.57 
 
 
384 aa  332  5e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508179  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  45.82 
 
 
373 aa  331  1e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  45.82 
 
 
373 aa  331  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  45.21 
 
 
375 aa  330  2e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  46.24 
 
 
385 aa  328  6e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1018  ABC-2 type transporter  45.45 
 
 
389 aa  328  9e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1303  ABC-2 type transporter  45.48 
 
 
389 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2392  Fis family transcriptional regulator  47.55 
 
 
387 aa  327  1.0000000000000001e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3707  ABC-2 type transporter  48.66 
 
 
377 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  44.68 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1796  ABC-2 type transporter  45.41 
 
 
374 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  42.71 
 
 
1106 aa  299  5e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  41.26 
 
 
382 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  40.58 
 
 
357 aa  291  9e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1380  ABC-2 type transporter  39.35 
 
 
368 aa  281  2e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.607954  hitchhiker  0.00000190775 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 
1171 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 
364 aa  273  3e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  39.42 
 
 
377 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  38.42 
 
 
378 aa  267  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  40.11 
 
 
375 aa  264  2e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  41.04 
 
 
378 aa  261  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  39.04 
 
 
375 aa  258  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  42.9 
 
 
369 aa  257  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  39.35 
 
 
387 aa  257  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  40.21 
 
 
405 aa  256  4e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  39.07 
 
 
380 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  40.94 
 
 
377 aa  256  5e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  38.54 
 
 
378 aa  255  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  40.35 
 
 
377 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  40.27 
 
 
377 aa  248  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  38.4 
 
 
377 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  38.61 
 
 
377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  38.97 
 
 
378 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  35.62 
 
 
377 aa  226  6e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  34.93 
 
 
366 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  32.81 
 
 
379 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  35.16 
 
 
427 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  33.33 
 
 
369 aa  203  4e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  32.89 
 
 
376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  34.57 
 
 
373 aa  199  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 
380 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  31.99 
 
 
383 aa  199  9e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 
380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  32.89 
 
 
376 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  30.03 
 
 
376 aa  195  1e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  33.79 
 
 
376 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  34.8 
 
 
369 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  32.15 
 
 
376 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  32.79 
 
 
380 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  33.91 
 
 
380 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  34.15 
 
 
376 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  32.8 
 
 
390 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  33.24 
 
 
936 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  33.24 
 
 
936 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  31.79 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  33.51 
 
 
376 aa  183  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  31.1 
 
 
375 aa  182  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  30.84 
 
 
388 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  34.65 
 
 
381 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  31.85 
 
 
368 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  32.65 
 
 
914 aa  179  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  31.91 
 
 
368 aa  179  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  31.25 
 
 
377 aa  179  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  31.72 
 
 
913 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  31.72 
 
 
913 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  32.65 
 
 
385 aa  177  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  30.03 
 
 
381 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  31.72 
 
 
913 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  32.98 
 
 
385 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  31.45 
 
 
913 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>