More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1739 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  100 
 
 
377 aa  741    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  66.13 
 
 
387 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  64.71 
 
 
380 aa  443  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  54.11 
 
 
375 aa  432  1e-120  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  54.38 
 
 
375 aa  426  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  53.51 
 
 
382 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  47.45 
 
 
371 aa  319  5e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  47.45 
 
 
371 aa  319  5e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1380  ABC-2 type transporter  45.01 
 
 
368 aa  302  7.000000000000001e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.607954  hitchhiker  0.00000190775 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  45.5 
 
 
1106 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  42.44 
 
 
375 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2392  Fis family transcriptional regulator  44.68 
 
 
387 aa  290  4e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  41.64 
 
 
375 aa  286  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1796  ABC-2 type transporter  45.43 
 
 
374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  40.79 
 
 
378 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  40.11 
 
 
391 aa  269  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  38.87 
 
 
377 aa  269  5e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  39.3 
 
 
376 aa  268  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  41.4 
 
 
376 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  39.04 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  39.04 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  39.04 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  39.04 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  42.4 
 
 
375 aa  265  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  38.34 
 
 
377 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  38.95 
 
 
384 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  39.27 
 
 
391 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  40.05 
 
 
385 aa  264  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  39.3 
 
 
391 aa  264  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  38.34 
 
 
377 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  45.97 
 
 
1171 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2422  ABC-2 type transporter  39.57 
 
 
379 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  38.07 
 
 
377 aa  262  6e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  39.01 
 
 
391 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4696  ABC-2 type transporter  41.22 
 
 
384 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508179  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  38.36 
 
 
377 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  40.59 
 
 
379 aa  250  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  37.67 
 
 
378 aa  247  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  39.53 
 
 
377 aa  242  9e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  35.77 
 
 
379 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  37.83 
 
 
405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2513  ABC-2 type transporter  38.07 
 
 
381 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.865231  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  40.75 
 
 
389 aa  239  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1018  ABC-2 type transporter  40.21 
 
 
389 aa  237  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1303  ABC-2 type transporter  41.29 
 
 
389 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  38.66 
 
 
377 aa  235  8e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  35.98 
 
 
373 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  35.98 
 
 
373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  34.32 
 
 
364 aa  230  4e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  35.28 
 
 
377 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  34.32 
 
 
357 aa  230  4e-59  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3707  ABC-2 type transporter  41.82 
 
 
377 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  33.69 
 
 
378 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  37.43 
 
 
378 aa  226  7e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  36.63 
 
 
377 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  37.07 
 
 
377 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  37.24 
 
 
369 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  33.86 
 
 
381 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  34.04 
 
 
378 aa  210  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  32.28 
 
 
366 aa  209  9e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  34.67 
 
 
384 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  34.05 
 
 
384 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  32.98 
 
 
388 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  33.78 
 
 
384 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  34.13 
 
 
384 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  32.98 
 
 
382 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  34.46 
 
 
378 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  31.45 
 
 
376 aa  196  5.000000000000001e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  31.75 
 
 
387 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  30.24 
 
 
379 aa  192  6e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  33.86 
 
 
376 aa  192  6e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  31.75 
 
 
380 aa  192  6e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  31.3 
 
 
383 aa  192  9e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  33.51 
 
 
374 aa  192  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  32.89 
 
 
380 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  35.29 
 
 
373 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  33.05 
 
 
378 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  29.84 
 
 
367 aa  189  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  33.68 
 
 
376 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  29.03 
 
 
371 aa  186  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 
368 aa  186  7e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  31.55 
 
 
376 aa  186  8e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  34.8 
 
 
377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  33.16 
 
 
427 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  29.84 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  33.62 
 
 
382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  31.83 
 
 
369 aa  181  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  30.69 
 
 
366 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  35 
 
 
371 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  32.45 
 
 
378 aa  180  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  34.44 
 
 
906 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  33.89 
 
 
906 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  30.77 
 
 
365 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>