More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1519 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  96.16 
 
 
391 aa  756    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  100 
 
 
391 aa  787    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2422  ABC-2 type transporter  81.87 
 
 
379 aa  627  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  81.68 
 
 
384 aa  619  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  78.13 
 
 
376 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  78.13 
 
 
376 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  78.13 
 
 
376 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  78.13 
 
 
376 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  78.13 
 
 
376 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  78.78 
 
 
377 aa  603  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  79.03 
 
 
391 aa  598  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  79.03 
 
 
391 aa  598  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2513  ABC-2 type transporter  77.55 
 
 
381 aa  584  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.865231  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0149412 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  77.69 
 
 
377 aa  578  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  77.96 
 
 
377 aa  579  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  49.59 
 
 
375 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  48.78 
 
 
375 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  47.43 
 
 
379 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  47.57 
 
 
378 aa  359  4e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  47.55 
 
 
376 aa  350  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  45.84 
 
 
379 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  46.11 
 
 
385 aa  338  9e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  47.3 
 
 
373 aa  336  3.9999999999999995e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2392  Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
387 aa  335  7e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  47.3 
 
 
373 aa  335  7.999999999999999e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4696  ABC-2 type transporter  47.97 
 
 
384 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508179  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1018  ABC-2 type transporter  46.38 
 
 
389 aa  329  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1303  ABC-2 type transporter  44.99 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  45.31 
 
 
389 aa  325  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  44.99 
 
 
371 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  44.99 
 
 
371 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1796  ABC-2 type transporter  45.01 
 
 
374 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  45.6 
 
 
375 aa  317  3e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3707  ABC-2 type transporter  46.11 
 
 
377 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  40.97 
 
 
357 aa  300  3e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  42.35 
 
 
382 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  41.93 
 
 
1106 aa  291  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  36.66 
 
 
364 aa  277  2e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  41.36 
 
 
1171 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  39.36 
 
 
377 aa  268  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  39.26 
 
 
378 aa  265  8.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  39.12 
 
 
387 aa  265  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  40.63 
 
 
405 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  38.48 
 
 
375 aa  257  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  39.36 
 
 
378 aa  258  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  38.21 
 
 
375 aa  257  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  42.55 
 
 
369 aa  252  7e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1380  ABC-2 type transporter  36.12 
 
 
368 aa  251  1e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.607954  hitchhiker  0.00000190775 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  37.34 
 
 
378 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  37.04 
 
 
380 aa  249  8e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  38.6 
 
 
377 aa  247  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  37.8 
 
 
377 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  39.42 
 
 
377 aa  243  6e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  39.53 
 
 
377 aa  243  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  38.61 
 
 
377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  36.07 
 
 
377 aa  225  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  35.64 
 
 
378 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  35.85 
 
 
366 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  36.98 
 
 
427 aa  209  5e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  34.96 
 
 
376 aa  209  6e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  34.5 
 
 
376 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  35.34 
 
 
376 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  32.88 
 
 
369 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  34.29 
 
 
380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  34.03 
 
 
380 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  34.22 
 
 
376 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  34.55 
 
 
380 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  30.91 
 
 
376 aa  194  2e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  34.21 
 
 
376 aa  194  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  37.06 
 
 
376 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  32.61 
 
 
373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  31.72 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  30.92 
 
 
383 aa  187  3e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  32.56 
 
 
380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  30.59 
 
 
382 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  31.05 
 
 
379 aa  183  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  29.35 
 
 
369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  31.69 
 
 
375 aa  180  4e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  32.52 
 
 
371 aa  180  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  30 
 
 
381 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  32.56 
 
 
376 aa  179  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  37.84 
 
 
364 aa  178  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  32.61 
 
 
368 aa  177  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  32.26 
 
 
369 aa  177  4e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0895  ABC-2 type transporter  32.72 
 
 
378 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.48 
 
 
377 aa  176  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  34.2 
 
 
381 aa  176  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  29.9 
 
 
388 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  31.65 
 
 
376 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  33.53 
 
 
368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  32.35 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  31.06 
 
 
914 aa  174  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0132  ABC-2 type transporter  34.49 
 
 
370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>