More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0816 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  94.09 
 
 
376 aa  708    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  94.09 
 
 
376 aa  708    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  100 
 
 
377 aa  759    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  94.09 
 
 
376 aa  708    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  90.72 
 
 
377 aa  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  94.35 
 
 
376 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  94.09 
 
 
376 aa  708    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  99.47 
 
 
377 aa  756    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  99.73 
 
 
377 aa  758    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  77.96 
 
 
391 aa  594  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  80.32 
 
 
384 aa  593  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  77.36 
 
 
391 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  78.44 
 
 
391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  78.17 
 
 
391 aa  571  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2422  ABC-2 type transporter  74.19 
 
 
379 aa  568  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2513  ABC-2 type transporter  73.58 
 
 
381 aa  544  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.865231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  48.65 
 
 
379 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  49.05 
 
 
375 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  48.53 
 
 
375 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  47.97 
 
 
378 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  46.36 
 
 
376 aa  348  6e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  45.16 
 
 
379 aa  339  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  46.9 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  46.9 
 
 
373 aa  336  3.9999999999999995e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  46.24 
 
 
385 aa  333  2e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4696  ABC-2 type transporter  47.57 
 
 
384 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508179  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3707  ABC-2 type transporter  48.39 
 
 
377 aa  327  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  45.26 
 
 
371 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  45.26 
 
 
371 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1796  ABC-2 type transporter  45.68 
 
 
374 aa  324  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  45.26 
 
 
375 aa  324  1e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1303  ABC-2 type transporter  45.53 
 
 
389 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1018  ABC-2 type transporter  45.53 
 
 
389 aa  321  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2392  Fis family transcriptional regulator  47.01 
 
 
387 aa  322  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  44.72 
 
 
389 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  40.98 
 
 
382 aa  298  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  42.45 
 
 
1106 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
1171 aa  287  2e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  39.52 
 
 
357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1380  ABC-2 type transporter  38.81 
 
 
368 aa  282  6.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.607954  hitchhiker  0.00000190775 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 
364 aa  281  9e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  39.58 
 
 
377 aa  265  7e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  39.89 
 
 
387 aa  264  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  40.38 
 
 
375 aa  262  8e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  39.95 
 
 
405 aa  259  7e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  43.79 
 
 
369 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  40.63 
 
 
378 aa  257  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  37.53 
 
 
378 aa  256  5e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  40.16 
 
 
375 aa  256  6e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  39.9 
 
 
377 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  38.78 
 
 
380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  37.47 
 
 
378 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  39.18 
 
 
377 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  38.34 
 
 
377 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  38.89 
 
 
377 aa  244  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  38.6 
 
 
377 aa  242  6e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  36.58 
 
 
377 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  36.72 
 
 
378 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  35.56 
 
 
366 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  33.33 
 
 
379 aa  209  7e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  34.05 
 
 
380 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  33.78 
 
 
380 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  31.61 
 
 
383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  34.35 
 
 
427 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  32.89 
 
 
376 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  30.67 
 
 
376 aa  194  2e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  34.49 
 
 
376 aa  194  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  33.16 
 
 
376 aa  193  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  33.6 
 
 
380 aa  192  9e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  31.79 
 
 
369 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  33.33 
 
 
373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  34.5 
 
 
380 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  36.21 
 
 
381 aa  189  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  33.62 
 
 
376 aa  186  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  34.71 
 
 
369 aa  185  9e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  33.82 
 
 
376 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  30.9 
 
 
375 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  33.24 
 
 
936 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  33.24 
 
 
936 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  31.68 
 
 
370 aa  179  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  32.73 
 
 
368 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  33.82 
 
 
376 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  31.52 
 
 
369 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  31.56 
 
 
371 aa  176  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  31.66 
 
 
368 aa  175  9e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  38.87 
 
 
364 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  31.99 
 
 
390 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  30.03 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  33.03 
 
 
914 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  30.55 
 
 
388 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4695  ABC-2 type transporter  33.24 
 
 
370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.595113 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  32.8 
 
 
376 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0895  ABC-2 type transporter  33.69 
 
 
378 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  32.27 
 
 
385 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>