More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3707 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3707  ABC-2 type transporter  100 
 
 
377 aa  741    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1303  ABC-2 type transporter  82.49 
 
 
389 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1018  ABC-2 type transporter  81.99 
 
 
389 aa  578  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  81.99 
 
 
389 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  57.22 
 
 
375 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  57.22 
 
 
375 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  56.68 
 
 
376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  55.31 
 
 
378 aa  401  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4696  ABC-2 type transporter  56.95 
 
 
384 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508179  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  50.27 
 
 
373 aa  371  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  50.27 
 
 
373 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  48.66 
 
 
376 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  48.66 
 
 
376 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  48.66 
 
 
376 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  48.66 
 
 
376 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  48.66 
 
 
376 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  47.58 
 
 
377 aa  354  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2944  ABC-2 type transporter  46.81 
 
 
391 aa  348  6e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.308426  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2513  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 
381 aa  347  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.865231  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  48.4 
 
 
384 aa  347  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1519  ABC-2 type transporter  46.11 
 
 
391 aa  346  3e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.762827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  49.19 
 
 
391 aa  345  7e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  48.39 
 
 
377 aa  344  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  48.92 
 
 
391 aa  343  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  48.12 
 
 
377 aa  343  4e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2422  ABC-2 type transporter  47.37 
 
 
379 aa  342  8e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2368  hypothetical protein  46.88 
 
 
379 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305787  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8102  ABC-2 type transporter  48.13 
 
 
379 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  45.08 
 
 
357 aa  320  3.9999999999999996e-86  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  46.44 
 
 
375 aa  318  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1796  ABC-2 type transporter  45.43 
 
 
374 aa  305  6e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  43.28 
 
 
385 aa  301  1e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2484  ABC-2 type transporter  44.89 
 
 
371 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2863  ABC transporter, permease protein, putative  44.89 
 
 
371 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.633584  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  44.02 
 
 
382 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2392  Fis family transcriptional regulator  44.24 
 
 
387 aa  298  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  38.04 
 
 
364 aa  296  5e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1380  ABC-2 type transporter  41.8 
 
 
368 aa  282  6.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.607954  hitchhiker  0.00000190775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  43.68 
 
 
405 aa  281  2e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  43.46 
 
 
1106 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
1171 aa  276  4e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  39.1 
 
 
378 aa  267  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  38.95 
 
 
378 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  38.8 
 
 
377 aa  259  8e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  40.84 
 
 
377 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  40.59 
 
 
369 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  41.74 
 
 
377 aa  251  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  41.45 
 
 
377 aa  249  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  38.98 
 
 
375 aa  249  6e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  40.53 
 
 
377 aa  248  9e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  38.13 
 
 
377 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  40.21 
 
 
377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  38.83 
 
 
378 aa  242  6e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  39.63 
 
 
378 aa  241  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  39.57 
 
 
380 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  36.73 
 
 
375 aa  239  5.999999999999999e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  39.52 
 
 
387 aa  238  9e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  34.66 
 
 
379 aa  209  8e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  34.91 
 
 
376 aa  209  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  36.74 
 
 
376 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  34.93 
 
 
376 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  36.19 
 
 
376 aa  206  8e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  32.26 
 
 
366 aa  205  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  37.96 
 
 
381 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3105  ABC-2 type transporter  35.84 
 
 
427 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  35.7 
 
 
376 aa  199  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  34.41 
 
 
368 aa  197  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  35.19 
 
 
373 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  35.19 
 
 
380 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  35.19 
 
 
380 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  38.92 
 
 
364 aa  192  7e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  33.82 
 
 
369 aa  190  4e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  32.14 
 
 
368 aa  189  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  33.88 
 
 
377 aa  189  7e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  32.81 
 
 
376 aa  188  1e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  34.26 
 
 
368 aa  187  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 
376 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  31.83 
 
 
380 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  31.83 
 
 
376 aa  186  8e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  32.89 
 
 
376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  33.6 
 
 
913 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  31.9 
 
 
370 aa  181  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  33.33 
 
 
913 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  31.66 
 
 
377 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  33.33 
 
 
913 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  35.5 
 
 
380 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  32.93 
 
 
367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  33.06 
 
 
913 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  31.72 
 
 
369 aa  180  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  32.28 
 
 
381 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  31.98 
 
 
390 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  31.5 
 
 
382 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  30.84 
 
 
383 aa  177  2e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>