More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0348 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  100 
 
 		 384 aa  774    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  78.95 
 
 		 382 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  74.73 
 
 		 381 aa  595  1e-169  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  74.87 
 
 		 384 aa  584  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  73.18 
 
 		 384 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  74.6 
 
 		 384 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  71.8 
 
 		 388 aa  578  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  72.19 
 
 		 378 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  71.47 
 
 		 387 aa  564  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  65.16 
 
 		 380 aa  517  1.0000000000000001e-145  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  63.03 
 
 		 378 aa  464  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  59.52 
 
 		 374 aa  455  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  55.35 
 
 		 379 aa  439  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  52.94 
 
 		 376 aa  414  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  54.01 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  47.33 
 
 		 378 aa  390  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  51.06 
 
 		 390 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  51.08 
 
 		 378 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  50 
 
 		 390 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  50.13 
 
 		 382 aa  371  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  51.87 
 
 		 371 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  48.52 
 
 		 385 aa  364  1e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  50.13 
 
 		 390 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  48.8 
 
 		 385 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  49.87 
 
 		 390 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  48.27 
 
 		 377 aa  354  1e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  50.27 
 
 		 368 aa  352  7e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  48.27 
 
 		 377 aa  349  5e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  46.93 
 
 		 378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  48.53 
 
 		 691 aa  332  5e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  43.73 
 
 		 365 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  42.63 
 
 		 373 aa  296  5e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  41.42 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  42.16 
 
 		 366 aa  291  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  43.31 
 
 		 373 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  42.75 
 
 		 373 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  42.75 
 
 		 373 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  41.56 
 
 		 373 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  43.15 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  37.43 
 
 		 378 aa  287  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  37.17 
 
 		 378 aa  286  2.9999999999999996e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  41.16 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  41.16 
 
 		 373 aa  286  5e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  42.36 
 
 		 366 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  40.9 
 
 		 373 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  42.2 
 
 		 367 aa  275  9e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  41.28 
 
 		 382 aa  270  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  42.2 
 
 		 371 aa  271  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  44.18 
 
 		 370 aa  269  5.9999999999999995e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  41.87 
 
 		 366 aa  269  7e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  42.63 
 
 		 369 aa  269  7e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  39.08 
 
 		 369 aa  269  7e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  39.84 
 
 		 375 aa  269  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  40.81 
 
 		 369 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  39.27 
 
 		 380 aa  258  9e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  35.7 
 
 		 379 aa  235  9e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  35.81 
 
 		 380 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  34.42 
 
 		 373 aa  219  5e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  34.51 
 
 		 373 aa  217  2.9999999999999998e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  34.22 
 
 		 369 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  32.53 
 
 		 377 aa  209  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  34.39 
 
 		 376 aa  206  5e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  31.89 
 
 		 366 aa  205  9e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  33.87 
 
 		 376 aa  204  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  34.13 
 
 		 376 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  31.1 
 
 		 376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  33.78 
 
 		 373 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  35.66 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  33.15 
 
 		 378 aa  197  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  31.28 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  32.18 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 		 376 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  32.98 
 
 		 377 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  35.19 
 
 		 378 aa  194  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2485  ABC-2 type transporter  33.42 
 
 		 369 aa  192  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2864  ABC transporter, permease protein, putative  33.42 
 
 		 369 aa  192  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141451  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  32 
 
 		 376 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  32.63 
 
 		 405 aa  190  4e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  32.04 
 
 		 368 aa  189  5e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3252  ABC-2 type transporter  34.8 
 
 		 375 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  34.84 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3002  ABC-2 type transporter  34.8 
 
 		 375 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.871422 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  30.21 
 
 		 368 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  30.81 
 
 		 372 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  33.88 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  30.4 
 
 		 376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  32.1 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  30.16 
 
 		 368 aa  184  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  32.01 
 
 		 375 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1739  ABC-2 type transporter  34.67 
 
 		 377 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  30.85 
 
 		 370 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  32.01 
 
 		 379 aa  180  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  33.24 
 
 		 371 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  29.44 
 
 		 376 aa  178  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2837  ABC-2 type transporter  32.15 
 
 		 370 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.273381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  31.65 
 
 		 385 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  33.15 
 
 		 380 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  30.91 
 
 		 382 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1477  ABC-2 type transporter  29.54 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  31.85 
 
 		 378 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>