More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1707 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 
373 aa  696    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 
373 aa  755    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  91.15 
 
 
373 aa  697    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 
373 aa  697    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  95.71 
 
 
373 aa  725    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  95.98 
 
 
373 aa  728    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 
373 aa  697    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  96.25 
 
 
373 aa  728    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 
373 aa  696    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  78.13 
 
 
375 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  68.63 
 
 
380 aa  518  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  62.2 
 
 
371 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  61.56 
 
 
367 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  61.9 
 
 
382 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  65.86 
 
 
366 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  60.74 
 
 
381 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  61.89 
 
 
366 aa  463  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  58.65 
 
 
369 aa  454  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  59.95 
 
 
365 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  61.08 
 
 
366 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  50.13 
 
 
370 aa  319  6e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  44.77 
 
 
384 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  44.77 
 
 
384 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  44.5 
 
 
384 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  42.93 
 
 
379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  42.89 
 
 
390 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  41.42 
 
 
384 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  43.77 
 
 
378 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  41.44 
 
 
378 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  42.22 
 
 
381 aa  285  9e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  42.4 
 
 
374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  42.67 
 
 
385 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  41.33 
 
 
376 aa  280  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  41.78 
 
 
390 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  43.04 
 
 
385 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  39.14 
 
 
378 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  39.62 
 
 
382 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  40.16 
 
 
388 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  40.32 
 
 
369 aa  269  5e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  42.56 
 
 
390 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  42.11 
 
 
378 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  40.37 
 
 
387 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  39.73 
 
 
380 aa  263  3e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  43.39 
 
 
368 aa  261  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  42.46 
 
 
390 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  40.27 
 
 
382 aa  257  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  40.79 
 
 
378 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  40.94 
 
 
377 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  42.74 
 
 
371 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  39.15 
 
 
369 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  40.94 
 
 
377 aa  245  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  41.21 
 
 
378 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  35.06 
 
 
379 aa  237  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  34.22 
 
 
366 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  36.48 
 
 
380 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  35.57 
 
 
376 aa  210  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  35.11 
 
 
369 aa  206  5e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  35.38 
 
 
376 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  37.47 
 
 
376 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  38.14 
 
 
376 aa  203  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  35.84 
 
 
370 aa  203  5e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  35.48 
 
 
691 aa  203  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  34.79 
 
 
376 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  33.33 
 
 
376 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  34.64 
 
 
375 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  30.97 
 
 
373 aa  192  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  31.15 
 
 
373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  32.47 
 
 
376 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  30.99 
 
 
373 aa  188  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  28.72 
 
 
378 aa  182  6e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  28.46 
 
 
378 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  33.25 
 
 
375 aa  181  1e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  34 
 
 
381 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  32.3 
 
 
376 aa  181  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  31.43 
 
 
378 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  32.58 
 
 
377 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  31.69 
 
 
377 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  31.95 
 
 
405 aa  179  8e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  31.73 
 
 
369 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2726  ABC-2 type transporter  32.51 
 
 
353 aa  178  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.52 
 
 
377 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  27.56 
 
 
376 aa  175  9.999999999999999e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  30.38 
 
 
368 aa  167  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  28.42 
 
 
383 aa  167  4e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  28.8 
 
 
368 aa  165  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  28.16 
 
 
368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  32.03 
 
 
377 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  33.62 
 
 
380 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  31.3 
 
 
387 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  30.05 
 
 
377 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3224  ABC-2 type transporter  32.45 
 
 
383 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.13853  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3115  ABC transporter, inner membrane subunit  32.45 
 
 
383 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3309  ABC-2 type transporter  32.02 
 
 
383 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  31.5 
 
 
385 aa  157  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  34.71 
 
 
364 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3039  hypothetical protein  29.4 
 
 
382 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  30.99 
 
 
377 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  30.93 
 
 
368 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  30.49 
 
 
376 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  32.1 
 
 
380 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>