287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2721 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0393  recombinase  80.76 
 
 		 522 aa  811    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2721  recombinase  100 
 
 		 500 aa  995    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.79843 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2519  Resolvase domain protein  31.88 
 
 		 494 aa  160  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.90325  normal  0.317865 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3816  recombinase  33.09 
 
 		 469 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3890  recombinase  33.09 
 
 		 469 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4299  recombinase  33.09 
 
 		 469 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.347806  normal  0.857188 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1234  Resolvase domain protein  29.53 
 
 		 467 aa  139  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.811381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1857  Site-specific recombinase DNA invertase Pin  30.77 
 
 		 488 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.830217  decreased coverage  0.0036727 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1448  recombinase  29.2 
 
 		 467 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0615  Resolvase domain protein  32.06 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.450478 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3518  recombinase  29.75 
 
 		 460 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0489876  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1152  Resolvase domain protein  28.34 
 
 		 460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3591  recombinase  29.52 
 
 		 460 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.528293 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3568  Resolvase domain protein  28.09 
 
 		 484 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.600504  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3904  Resolvase domain protein  26.03 
 
 		 460 aa  127  7e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4166  recombinase  27.44 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167071  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5572  recombinase  27.69 
 
 		 479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0686025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5975  recombinase  27.69 
 
 		 479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07990  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  27.06 
 
 		 529 aa  110  7.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  28.31 
 
 		 465 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  25.65 
 
 		 542 aa  99.8  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  25.65 
 
 		 554 aa  99.4  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1974  Resolvase domain protein  28.03 
 
 		 503 aa  99  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0665076  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  26.24 
 
 		 485 aa  95.9  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  24.6 
 
 		 429 aa  93.6  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2373  recombinase  24.4 
 
 		 497 aa  92  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20310  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  30 
 
 		 458 aa  91.7  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0744834  normal  0.198251 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20360  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  26.71 
 
 		 539 aa  91.3  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0872003  normal  0.144817 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4124  recombinase  25.27 
 
 		 432 aa  90.5  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  23.7 
 
 		 510 aa  90.1  7e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  22.06 
 
 		 494 aa  90.1  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6293  recombinase  26.46 
 
 		 385 aa  86.7  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  23.08 
 
 		 539 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  25.07 
 
 		 548 aa  85.9  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0394  Recombinase  20.45 
 
 		 541 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.018734 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06210  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  30.59 
 
 		 458 aa  85.9  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4207  Recombinase  24.86 
 
 		 506 aa  84.7  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0141412 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  24.82 
 
 		 506 aa  84.7  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  21.86 
 
 		 517 aa  82.8  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3240  Recombinase  28.99 
 
 		 582 aa  82.4  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.143535  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  26.33 
 
 		 549 aa  82  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  21.11 
 
 		 542 aa  80.9  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  21.11 
 
 		 542 aa  80.9  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  21.11 
 
 		 542 aa  80.5  0.00000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0463  Resolvase domain protein  22.98 
 
 		 475 aa  80.1  0.00000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0983248  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1907  Recombinase  29.47 
 
 		 452 aa  79.3  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  22.22 
 
 		 523 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  23.96 
 
 		 551 aa  77.8  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  22.54 
 
 		 518 aa  76.3  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  26.48 
 
 		 522 aa  76.3  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  23.7 
 
 		 662 aa  76.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  27.31 
 
 		 336 aa  76.3  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  22.19 
 
 		 498 aa  76.6  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0430  putative resolvase  24.42 
 
 		 540 aa  76.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0212047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26050  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  23.24 
 
 		 511 aa  75.5  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.799262  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1671  recombinase  24.14 
 
 		 522 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  25.55 
 
 		 546 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  24.48 
 
 		 528 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2051  resolvase domain-containing protein  25.33 
 
 		 494 aa  74.3  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000751962 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20150  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  23.75 
 
 		 569 aa  74.7  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.339427  normal  0.32342 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  24.86 
 
 		 569 aa  74.3  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  21.61 
 
 		 523 aa  74.3  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  23.05 
 
 		 523 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0102  resolvase domain-containing protein  24.68 
 
 		 537 aa  73.9  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218605 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  21.51 
 
 		 523 aa  73.2  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3384  resolvase domain-containing protein  25.14 
 
 		 590 aa  73.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  24.24 
 
 		 528 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  21.77 
 
 		 534 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  24.06 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  26.64 
 
 		 578 aa  72  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3138  resolvase  26.89 
 
 		 561 aa  71.2  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.741085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  25 
 
 		 485 aa  71.2  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2551  recombinase  26.54 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  22.48 
 
 		 519 aa  70.1  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2236  Recombinase  23.32 
 
 		 430 aa  69.7  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237941 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  22.16 
 
 		 482 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  22.67 
 
 		 519 aa  69.3  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2529  recombinase  25.37 
 
 		 501 aa  68.9  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  24.85 
 
 		 613 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1524  Resolvase domain protein  21.18 
 
 		 543 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000240403  hitchhiker  0.00200455 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  23.8 
 
 		 563 aa  68.2  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  24.49 
 
 		 546 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  25.13 
 
 		 565 aa  67.8  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0706  Resolvase domain protein  24.76 
 
 		 534 aa  67.4  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.995743 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  20.84 
 
 		 515 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0770  Resolvase domain protein  25.41 
 
 		 537 aa  67.4  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.872914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1216  Resolvase domain protein  25.41 
 
 		 534 aa  67.4  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.766992  hitchhiker  0.00144818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0894  Resolvase domain protein  25.41 
 
 		 534 aa  67.4  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4182  resolvase domain-containing protein  25.21 
 
 		 579 aa  67.4  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1034  Resolvase domain protein  25.08 
 
 		 534 aa  67  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  26.09 
 
 		 564 aa  67  0.0000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7321  putative resolvase  24.65 
 
 		 518 aa  66.6  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.988127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  25.27 
 
 		 537 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  21.8 
 
 		 506 aa  65.9  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0277  resolvase domain-containing protein  23.71 
 
 		 551 aa  65.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738521  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0886  resolvase domain-containing protein  24.5 
 
 		 511 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  23.05 
 
 		 535 aa  65.1  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  27.44 
 
 		 549 aa  65.1  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3247  putative site-specific integrase protein  26.15 
 
 		 462 aa  64.3  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.964648 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4193  Resolvase domain  24.8 
 
 		 555 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.384127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>