269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0393 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0393  recombinase  100 
 
 		 522 aa  1051    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2721  recombinase  80.76 
 
 		 500 aa  830    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.79843 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2519  Resolvase domain protein  32.99 
 
 		 494 aa  173  9e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.90325  normal  0.317865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1448  recombinase  28.84 
 
 		 467 aa  143  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1234  Resolvase domain protein  28.94 
 
 		 467 aa  139  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.811381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3568  Resolvase domain protein  27.72 
 
 		 484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.600504  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3591  recombinase  32.05 
 
 		 460 aa  134  6e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.528293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1857  Site-specific recombinase DNA invertase Pin  30.15 
 
 		 488 aa  133  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.830217  decreased coverage  0.0036727 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3518  recombinase  31.81 
 
 		 460 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0489876  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3816  recombinase  30.41 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3890  recombinase  30.41 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4299  recombinase  30.41 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.347806  normal  0.857188 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1152  Resolvase domain protein  28.49 
 
 		 460 aa  126  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4166  recombinase  27.81 
 
 		 460 aa  123  7e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167071  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5572  recombinase  28.38 
 
 		 479 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0686025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5975  recombinase  28.38 
 
 		 479 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3904  Resolvase domain protein  25.2 
 
 		 460 aa  120  6e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  27.52 
 
 		 465 aa  120  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0615  Resolvase domain protein  28.19 
 
 		 461 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.450478 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07990  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  27.33 
 
 		 529 aa  117  6e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  24.63 
 
 		 494 aa  103  7e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  24.2 
 
 		 554 aa  101  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1974  Resolvase domain protein  27.75 
 
 		 503 aa  100  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0665076  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  24.35 
 
 		 542 aa  99.8  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20360  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  26.94 
 
 		 539 aa  98.6  3e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0872003  normal  0.144817 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2373  recombinase  24.95 
 
 		 497 aa  95.9  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  22.94 
 
 		 542 aa  94.7  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  22.94 
 
 		 542 aa  94.7  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  26.18 
 
 		 485 aa  94.7  4e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  22.19 
 
 		 517 aa  94  6e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  22.94 
 
 		 542 aa  94  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6293  recombinase  26.59 
 
 		 385 aa  93.6  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  22.53 
 
 		 429 aa  93.2  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  22.26 
 
 		 510 aa  90.1  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0394  Recombinase  20.67 
 
 		 541 aa  89.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.018734 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4124  recombinase  24.95 
 
 		 432 aa  89.7  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  25 
 
 		 506 aa  90.1  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  23.87 
 
 		 539 aa  90.1  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2529  recombinase  25.67 
 
 		 501 aa  88.6  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1524  Resolvase domain protein  25.15 
 
 		 543 aa  87.4  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000240403  hitchhiker  0.00200455 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4207  Recombinase  24.27 
 
 		 506 aa  86.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0141412 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  26.58 
 
 		 528 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  26.6 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  24.84 
 
 		 527 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2051  resolvase domain-containing protein  25 
 
 		 494 aa  84.3  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000751962 
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  23.21 
 
 		 518 aa  83.2  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  23.22 
 
 		 523 aa  82.8  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  23.06 
 
 		 548 aa  82.8  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  24 
 
 		 522 aa  82  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  22.74 
 
 		 523 aa  81.6  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  25.36 
 
 		 498 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  23.24 
 
 		 515 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26050  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  22.84 
 
 		 511 aa  81.3  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.799262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  23.91 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  23.56 
 
 		 523 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20310  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  26.54 
 
 		 458 aa  79.7  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0744834  normal  0.198251 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  23.58 
 
 		 506 aa  78.6  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  23.88 
 
 		 519 aa  78.6  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06210  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  25.92 
 
 		 458 aa  78.2  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0440  Resolvase domain protein  22.22 
 
 		 552 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000141398  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0706  Resolvase domain protein  25.41 
 
 		 534 aa  77.4  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.995743 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1671  recombinase  29.36 
 
 		 522 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0463  Resolvase domain protein  22.32 
 
 		 475 aa  75.9  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0983248  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  24.76 
 
 		 563 aa  75.9  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0894  Resolvase domain protein  25.41 
 
 		 534 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1034  Resolvase domain protein  24.23 
 
 		 534 aa  75.5  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1907  Recombinase  23.26 
 
 		 452 aa  75.1  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0796  recombinase  21.33 
 
 		 421 aa  74.7  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4146  Recombinase  25.33 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0407054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20150  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  22.08 
 
 		 569 aa  74.3  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.339427  normal  0.32342 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1216  Resolvase domain protein  25.16 
 
 		 534 aa  74.3  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.766992  hitchhiker  0.00144818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0770  Resolvase domain protein  25.08 
 
 		 537 aa  73.9  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.872914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0628  Resolvase domain protein  25.08 
 
 		 534 aa  73.6  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0817  Resolvase domain protein  24.84 
 
 		 534 aa  73.2  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2551  recombinase  26.33 
 
 		 412 aa  73.2  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  25.56 
 
 		 485 aa  72.4  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0102  resolvase domain-containing protein  24.02 
 
 		 537 aa  72.4  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218605 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2236  Recombinase  22.83 
 
 		 430 aa  72  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237941 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1608  putative resolvase  21.75 
 
 		 502 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  27.57 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  22.66 
 
 		 606 aa  71.2  0.00000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  22.66 
 
 		 606 aa  71.2  0.00000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  21.1 
 
 		 519 aa  70.9  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3171  putative site-specific integrase/resolvase protein  24.69 
 
 		 462 aa  70.5  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0958  Resolvase domain protein  25.48 
 
 		 537 aa  70.5  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.560129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  20.94 
 
 		 522 aa  70.5  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2634  prophage LambdaMc01, site-specific recombinase resolvase family protein  23.59 
 
 		 459 aa  70.1  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3240  Recombinase  25.41 
 
 		 582 aa  70.1  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.143535  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0172  recombinase  25 
 
 		 545 aa  69.7  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  24.58 
 
 		 558 aa  69.7  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  24.02 
 
 		 546 aa  70.1  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0508  Resolvase domain protein  25.86 
 
 		 520 aa  69.3  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0430  putative resolvase  21.82 
 
 		 540 aa  68.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0212047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2571  recombinase  26.12 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  21.18 
 
 		 522 aa  68.2  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  21.82 
 
 		 482 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  24.38 
 
 		 569 aa  67.8  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3247  putative site-specific integrase protein  24.69 
 
 		 462 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.964648 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0567  Resolvase domain protein  24.71 
 
 		 577 aa  67.8  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0886  resolvase domain-containing protein  23.98 
 
 		 511 aa  67.8  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>