76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3442 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3442  major facilitator superfamily (MFS) transporter  100 
 
 		 401 aa  778    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0930  major facilitator transporter  52.22 
 
 		 412 aa  361  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.218568  normal  0.0396235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0119  major facilitator transporter  43.54 
 
 		 412 aa  272  6e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1534  major facilitator transporter  40.62 
 
 		 414 aa  264  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.861998  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4068  major facilitator transporter  39.64 
 
 		 409 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3395  major facilitator transporter  41.02 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.782779 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2675  initiation factor 2  33.16 
 
 		 411 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4200  major facilitator transporter  34.86 
 
 		 416 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.279328  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5070  Major facilitator superfamily permease protein  34.38 
 
 		 400 aa  176  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1523  major facilitator transporter  30.08 
 
 		 411 aa  169  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00662102  normal  0.136227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0334  major facilitator transporter  34.63 
 
 		 403 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00118696  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2183  major facilitator transporter  33.8 
 
 		 407 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.362785  normal  0.176029 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4759  major facilitator superfamily MFS_1  26.85 
 
 		 439 aa  89.4  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2729  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 442 aa  82.4  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  23.66 
 
 		 486 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  25.61 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  25.65 
 
 		 430 aa  65.1  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7416  Permeases of the major facilitator superfamily  21.94 
 
 		 415 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0651373  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1335  major facilitator superfamily MFS_1  24.85 
 
 		 437 aa  60.8  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 414 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  26.09 
 
 		 418 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  25.75 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  25.75 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  25.81 
 
 		 420 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3782  major facilitator superfamily transporter  26.04 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  25.61 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1346  major facilitator superfamily MFS_1  27.25 
 
 		 385 aa  54.3  0.000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.558295  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2340  major facilitator superfamily MFS_1  24.03 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  22.93 
 
 		 426 aa  53.5  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  27.2 
 
 		 408 aa  53.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  24.61 
 
 		 459 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24130  sugar phosphate permease  21.53 
 
 		 436 aa  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  24.32 
 
 		 434 aa  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  24.51 
 
 		 430 aa  51.2  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  25.1 
 
 		 400 aa  51.6  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0983  major facilitator superfamily permease  26.33 
 
 		 410 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.445341 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  26.77 
 
 		 438 aa  48.9  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  24.15 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2216  major facilitator superfamily transporter  30.77 
 
 		 411 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.167097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4678  major facilitator transporter  27.72 
 
 		 404 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0492  major facilitator transporter  25.82 
 
 		 422 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6790  major facilitator superfamily MFS_1  26.27 
 
 		 404 aa  47.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  24.67 
 
 		 434 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2341  major facilitator superfamily MFS_1  26.38 
 
 		 390 aa  47  0.0006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0615  major facilitator transporter  27.71 
 
 		 422 aa  46.2  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.444913  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3681  major facilitator superfamily MFS_1  25.09 
 
 		 402 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4533  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.229762  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3694  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0166354  normal  0.86684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3830  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237049  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  25.7 
 
 		 435 aa  45.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3859  major facilitator transporter  23.34 
 
 		 402 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.526422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  26.83 
 
 		 433 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0165  Oxalate/Formate Antiporter  24.83 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  26.7 
 
 		 442 aa  44.7  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0858  major facilitator transporter  25 
 
 		 442 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.326759  normal  0.152741 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3748  major facilitator family transporter  24.83 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3728  major facilitator transporter  23.77 
 
 		 411 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0169  oxalate/formate antiporter  24.83 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.86802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7884  major facilitator superfamily MFS_1  25.68 
 
 		 411 aa  44.3  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10510  arabinose efflux permease family protein  24.26 
 
 		 500 aa  44.3  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.67129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  26.44 
 
 		 452 aa  44.3  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  26.15 
 
 		 403 aa  43.9  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2123  major facilitator superfamily MFS_1  29.33 
 
 		 395 aa  43.9  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.226237  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5287  major facilitator superfamily MFS_1  27.45 
 
 		 405 aa  43.5  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0508736  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  25.8 
 
 		 430 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  25.8 
 
 		 430 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03348  hypothetical protein  24.48 
 
 		 402 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  25.3 
 
 		 428 aa  43.5  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4042  major facilitator family transporter  24.48 
 
 		 402 aa  43.5  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03397  predicted transporter  24.48 
 
 		 402 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  25.3 
 
 		 429 aa  43.1  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3979  major facilitator family transporter  24.48 
 
 		 400 aa  43.1  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.705111  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1994  major facilitator transporter  25.6 
 
 		 411 aa  43.1  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4923  inner membrane protein YhjX  24.48 
 
 		 400 aa  43.1  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5881  major facilitator superfamily MFS_1  23.81 
 
 		 404 aa  42.7  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>