114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4068 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4068  major facilitator transporter  100 
 
 		 409 aa  813    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1534  major facilitator transporter  61.94 
 
 		 414 aa  493  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.861998  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3395  major facilitator transporter  57.36 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.782779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0119  major facilitator transporter  41.51 
 
 		 412 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0930  major facilitator transporter  42.08 
 
 		 412 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.218568  normal  0.0396235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3442  major facilitator superfamily (MFS) transporter  38.08 
 
 		 401 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4200  major facilitator transporter  35.93 
 
 		 416 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.279328  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5070  Major facilitator superfamily permease protein  38.27 
 
 		 400 aa  209  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2675  initiation factor 2  33.42 
 
 		 411 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1523  major facilitator transporter  34.53 
 
 		 411 aa  204  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00662102  normal  0.136227 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2183  major facilitator transporter  40 
 
 		 407 aa  178  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.362785  normal  0.176029 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0334  major facilitator transporter  40.2 
 
 		 403 aa  169  7e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00118696  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2729  major facilitator superfamily MFS_1  25.47 
 
 		 442 aa  113  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  25 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4759  major facilitator superfamily MFS_1  27.45 
 
 		 439 aa  78.6  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  24.24 
 
 		 486 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  22.7 
 
 		 426 aa  69.3  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7416  Permeases of the major facilitator superfamily  24.53 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0651373  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  24.06 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4647  major facilitator transporter  25.29 
 
 		 405 aa  57  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0648  major facilitator superfamily MFS_1  26.61 
 
 		 410 aa  57  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0297226 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  25.37 
 
 		 408 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3837  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.791856  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  28 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1938  major facilitator transporter  25.7 
 
 		 443 aa  52.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.829808  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6958  major facilitator superfamily MFS_1  24.03 
 
 		 427 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.300756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  24.44 
 
 		 434 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1335  major facilitator superfamily MFS_1  24.38 
 
 		 437 aa  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0965  major facilitator superfamily MFS_1  27.84 
 
 		 429 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  30.28 
 
 		 394 aa  49.7  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2356  major facilitator superfamily MFS_1  21.18 
 
 		 405 aa  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3717  major facilitator superfamily MFS_1  26.91 
 
 		 394 aa  49.7  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4437  major facilitator superfamily MFS_1  23.74 
 
 		 397 aa  49.3  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.483718 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4585  major facilitator transporter  29.22 
 
 		 429 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.282305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3099  putative oxalate/formate antiporter  24 
 
 		 429 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5581  major facilitator superfamily permease  27.53 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.136738 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1982  major facilitator superfamily MFS_1  24.58 
 
 		 434 aa  48.5  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.130406  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  23.73 
 
 		 452 aa  48.5  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04481  monocarboxylate transporter (Eurofung)  27.34 
 
 		 510 aa  47.8  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.129733  normal  0.497069 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  25.71 
 
 		 420 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6301  major facilitator transporter  24.23 
 
 		 410 aa  47.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.430567 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  27.06 
 
 		 430 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0231  major facilitator transporter  28.28 
 
 		 409 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3268  sn-glycerol-3-phosphate transporter  25.29 
 
 		 446 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  23.89 
 
 		 452 aa  47.4  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1033  major facilitator transporter  26.7 
 
 		 430 aa  47  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512076  normal  0.078006 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4254  major facilitator transporter  29.41 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1906  major facilitator superfamily MFS_1  20.92 
 
 		 432 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.748854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1160  major facilitator superfamily MFS_1  26.7 
 
 		 430 aa  47  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1320  major facilitator superfamily MFS_1  23.59 
 
 		 397 aa  47  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.296335  hitchhiker  0.000000456317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  23.41 
 
 		 414 aa  46.6  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2154  major facilitator superfamily MFS_1  25.5 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4475  major facilitator superfamily MFS_1  24.88 
 
 		 441 aa  46.6  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220885  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3425  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 429 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2623  hypothetical protein  25 
 
 		 455 aa  46.6  0.0009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0572  glycerol-3-phosphate transporter  23.48 
 
 		 449 aa  46.2  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00224555  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2474  hypothetical protein  25 
 
 		 455 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1514  major facilitator superfamily MFS_1  24.15 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1247  major facilitator transporter  21.82 
 
 		 431 aa  46.2  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.131802 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6417  major facilitator transporter  22.73 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.386481 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0718  glycerol-3-phosphate transporter  23.48 
 
 		 449 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000170433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1989  major facilitator superfamily MFS_1  27.18 
 
 		 437 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0628  glycerol-3-phosphate transporter  23.11 
 
 		 449 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000215527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0661  glycerol-3-phosphate transporter  23.11 
 
 		 449 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00772133  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4143  major facilitator superfamily transporter  23.71 
 
 		 402 aa  45.8  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1232  nitrite extrusion protein 1  25.21 
 
 		 431 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  25.1 
 
 		 417 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2097  major facilitator superfamily MFS_1  25.17 
 
 		 436 aa  45.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.481915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2772  major facilitator superfamily MFS_1  29.68 
 
 		 429 aa  45.8  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0571  glycerol-3-phosphate transporter  23.11 
 
 		 449 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00198632  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  23.82 
 
 		 418 aa  44.7  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4434  major facilitator transporter  32.05 
 
 		 393 aa  44.7  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2123  major facilitator superfamily MFS_1  26.24 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.226237  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37460  putative permease  30.12 
 
 		 427 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.114641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30034  monocarboxylate permease homolog  23.31 
 
 		 471 aa  45.1  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30340  monocarboxylate permease homolog  27.93 
 
 		 454 aa  44.7  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.22847  normal  0.486952 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0431  major facilitator transporter  26.59 
 
 		 440 aa  45.1  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000529382  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1793  hypothetical protein  24.62 
 
 		 184 aa  44.7  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1785  major facilitator transporter  28.33 
 
 		 422 aa  44.3  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00132489  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4716  major facilitator superfamily MFS_1  25.69 
 
 		 433 aa  44.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00719513 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0692  glycerol-3-phosphate transporter  26.23 
 
 		 449 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00296748  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2414  major facilitator superfamily MFS_1  24.83 
 
 		 436 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.136193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4569  major facilitator superfamily MFS_1  25.69 
 
 		 433 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.732281  normal  0.0800324 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4646  glycerol-3-phosphate transporter  23.48 
 
 		 449 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000791973  unclonable  8.6547e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0729  glycerol-3-phosphate transporter  23.11 
 
 		 449 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  26.55 
 
 		 416 aa  44.3  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0615  major facilitator transporter  26.62 
 
 		 422 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.444913  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 420 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  25.36 
 
 		 442 aa  44.3  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1726  major facilitator transporter  28.33 
 
 		 421 aa  44.3  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4613  major facilitator superfamily MFS_1  23.2 
 
 		 417 aa  44.3  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.969548 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0790  glycerol-3-phosphate transporter  23.11 
 
 		 449 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000864698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13750  nitrite extrusion protein 1  24.79 
 
 		 431 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.418786 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  25.68 
 
 		 401 aa  43.9  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1794  Xaa-Pro dipeptidase  23.75 
 
 		 389 aa  43.9  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6143  major facilitator transporter  24.27 
 
 		 437 aa  43.9  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.645469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0308  major facilitator superfamily MFS_1  23.45 
 
 		 426 aa  43.9  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  25.63 
 
 		 434 aa  43.5  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  21.37 
 
 		 408 aa  43.5  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  25.66 
 
 		 442 aa  43.5  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>