54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0930 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0930  major facilitator transporter  100 
 
 		 412 aa  807    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.218568  normal  0.0396235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3442  major facilitator superfamily (MFS) transporter  52.51 
 
 		 401 aa  347  2e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0119  major facilitator transporter  42.93 
 
 		 412 aa  285  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1534  major facilitator transporter  39.45 
 
 		 414 aa  277  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.861998  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4068  major facilitator transporter  42.08 
 
 		 409 aa  276  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3395  major facilitator transporter  40.45 
 
 		 402 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.782779 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4200  major facilitator transporter  36.86 
 
 		 416 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.279328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2675  initiation factor 2  33.66 
 
 		 411 aa  199  7.999999999999999e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1523  major facilitator transporter  31.3 
 
 		 411 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00662102  normal  0.136227 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5070  Major facilitator superfamily permease protein  32.26 
 
 		 400 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0334  major facilitator transporter  37.21 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00118696  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2183  major facilitator transporter  36.31 
 
 		 407 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.362785  normal  0.176029 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4759  major facilitator superfamily MFS_1  27.22 
 
 		 439 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2729  major facilitator superfamily MFS_1  25.19 
 
 		 442 aa  90.1  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  25.1 
 
 		 486 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  25.63 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1335  major facilitator superfamily MFS_1  25.68 
 
 		 437 aa  61.6  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2474  hypothetical protein  22.3 
 
 		 455 aa  54.3  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  28.11 
 
 		 423 aa  53.1  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  28.11 
 
 		 423 aa  53.1  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2623  hypothetical protein  22.3 
 
 		 455 aa  53.1  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  24.27 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  26.11 
 
 		 459 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0083  regulatory protein UhpC  24.2 
 
 		 443 aa  50.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.644662  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4078  regulatory protein UhpC  24.2 
 
 		 443 aa  50.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4130  regulatory protein UhpC  24.2 
 
 		 453 aa  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.543128  normal  0.246836 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  27.8 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4647  major facilitator transporter  22.79 
 
 		 405 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2414  major facilitator superfamily MFS_1  29.41 
 
 		 436 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.136193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  24.18 
 
 		 413 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2137  major facilitator transporter  29.41 
 
 		 436 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115705  normal  0.336562 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2503  major facilitator superfamily MFS_1  21.83 
 
 		 436 aa  47.8  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24130  sugar phosphate permease  22.55 
 
 		 436 aa  47.4  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4080  major facilitator superfamily MFS_1  25.64 
 
 		 424 aa  47.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245287  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2097  major facilitator superfamily MFS_1  32 
 
 		 436 aa  47  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.481915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7416  Permeases of the major facilitator superfamily  22 
 
 		 415 aa  46.6  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0651373  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  23.12 
 
 		 434 aa  46.6  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4199  major facilitator transporter  26.16 
 
 		 433 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.153637  normal  0.361901 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4569  major facilitator superfamily MFS_1  26.16 
 
 		 433 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.732281  normal  0.0800324 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1247  major facilitator transporter  31.62 
 
 		 431 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.131802 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2623  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 434 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0134  regulatory protein UhpC  23.83 
 
 		 443 aa  44.3  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3415  major facilitator superfamily MFS_1  26.39 
 
 		 390 aa  44.3  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.800917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4716  major facilitator superfamily MFS_1  25.74 
 
 		 433 aa  44.3  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00719513 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2340  major facilitator superfamily MFS_1  24.67 
 
 		 417 aa  43.5  0.006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08789  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12710)  24 
 
 		 506 aa  43.9  0.006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3694  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 411 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0166354  normal  0.86684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3830  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 411 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4533  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 411 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.229762  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2266  major facilitator transporter  27.01 
 
 		 398 aa  43.1  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4947  normal  0.149356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3371  major facilitator superfamily MFS_1  32.62 
 
 		 513 aa  43.5  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  25.27 
 
 		 424 aa  43.1  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>