More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0834 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  100 
 
 		 435 aa  872    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  84.1 
 
 		 433 aa  742    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  84.1 
 
 		 433 aa  742    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  60.83 
 
 		 429 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  60.79 
 
 		 436 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  61.11 
 
 		 433 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  60.84 
 
 		 436 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  59.18 
 
 		 434 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  59.18 
 
 		 434 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  61.44 
 
 		 430 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  59.18 
 
 		 433 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  57.08 
 
 		 433 aa  501  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  55.92 
 
 		 433 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  57.18 
 
 		 432 aa  496  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  57.24 
 
 		 434 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  55.79 
 
 		 433 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  56.98 
 
 		 432 aa  489  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  56.98 
 
 		 472 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  56.98 
 
 		 472 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  56.52 
 
 		 474 aa  483  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  57.97 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  57.21 
 
 		 432 aa  481  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  57.21 
 
 		 432 aa  481  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  58.45 
 
 		 432 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  57.21 
 
 		 432 aa  481  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  57.21 
 
 		 432 aa  481  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  56.17 
 
 		 423 aa  477  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  56.9 
 
 		 432 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  55.71 
 
 		 435 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  55.21 
 
 		 430 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  55.21 
 
 		 430 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  55.69 
 
 		 423 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  55.69 
 
 		 423 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  55.8 
 
 		 443 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  55.69 
 
 		 423 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  55.8 
 
 		 423 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  51.74 
 
 		 430 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  53.92 
 
 		 411 aa  428  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  47.36 
 
 		 434 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  47.36 
 
 		 434 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  47.36 
 
 		 434 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  47.36 
 
 		 434 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  47.6 
 
 		 434 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  49.05 
 
 		 427 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  45.05 
 
 		 425 aa  391  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  45.05 
 
 		 425 aa  391  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  46.63 
 
 		 435 aa  375  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  46.63 
 
 		 435 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  46.63 
 
 		 435 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  44.08 
 
 		 436 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  45.28 
 
 		 433 aa  372  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  44.71 
 
 		 432 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  43.61 
 
 		 436 aa  371  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  45.85 
 
 		 435 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  43.84 
 
 		 433 aa  370  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  41.55 
 
 		 452 aa  354  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  41.55 
 
 		 452 aa  354  2e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  35.92 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  32.91 
 
 		 430 aa  251  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  35.04 
 
 		 428 aa  249  5e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  36.86 
 
 		 434 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  34.68 
 
 		 432 aa  246  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  32.49 
 
 		 436 aa  246  4.9999999999999997e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  33.73 
 
 		 431 aa  246  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  33.87 
 
 		 441 aa  246  8e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  34.77 
 
 		 449 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  36.19 
 
 		 433 aa  241  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  33.74 
 
 		 431 aa  239  6.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  36.08 
 
 		 424 aa  237  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  33.64 
 
 		 432 aa  236  6e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  32.85 
 
 		 429 aa  233  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  34.73 
 
 		 430 aa  232  9e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  32.69 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  32.69 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  34.29 
 
 		 439 aa  230  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  34.24 
 
 		 426 aa  229  7e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  33.85 
 
 		 429 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  31.49 
 
 		 430 aa  227  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  31.89 
 
 		 430 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  34.51 
 
 		 425 aa  225  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  33.26 
 
 		 440 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  35.68 
 
 		 441 aa  223  4.9999999999999996e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  33.67 
 
 		 430 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  32.37 
 
 		 454 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  33.58 
 
 		 449 aa  216  5.9999999999999996e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  29.55 
 
 		 424 aa  215  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  33.67 
 
 		 427 aa  209  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  32.83 
 
 		 453 aa  209  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  31.82 
 
 		 415 aa  207  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  31.7 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  31.78 
 
 		 435 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  33.93 
 
 		 429 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  32.5 
 
 		 435 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  30.36 
 
 		 441 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  29.87 
 
 		 449 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  31.09 
 
 		 448 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  31.57 
 
 		 439 aa  183  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2056  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  31.11 
 
 		 448 aa  183  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  28.83 
 
 		 446 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0885  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  31.57 
 
 		 456 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>