More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2998 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2998  putative mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 826 aa  1641    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  43.25 
 
 		 787 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  43.12 
 
 		 787 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 801 aa  438  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0181  MscS mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 		 707 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  40.14 
 
 		 759 aa  422  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  35.69 
 
 		 766 aa  420  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  55.89 
 
 		 792 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  35.54 
 
 		 790 aa  389  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  40.66 
 
 		 753 aa  374  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1457  MscS mechanosensitive ion channel  35.36 
 
 		 768 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1476  hypothetical protein  32.36 
 
 		 737 aa  319  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1295  hypothetical protein  32.07 
 
 		 737 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.159266  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00775  predicted mechanosensitive channel  32.54 
 
 		 741 aa  300  9e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2834  MscS Mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 741 aa  300  9e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.269757  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2835  hypothetical protein  32.54 
 
 		 741 aa  300  9e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.49236  normal  0.59414 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00792  hypothetical protein  32.54 
 
 		 741 aa  300  9e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0876  hypothetical protein  32.54 
 
 		 741 aa  300  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000367014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0956  hypothetical protein  32.54 
 
 		 741 aa  300  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0640759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0863  hypothetical protein  32.54 
 
 		 741 aa  298  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00697122  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0831  hypothetical protein  32.68 
 
 		 741 aa  296  7e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0229209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0863  hypothetical protein  32.26 
 
 		 740 aa  293  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0891  hypothetical protein  32.26 
 
 		 740 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0922  hypothetical protein  32.26 
 
 		 740 aa  292  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.493132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0954  hypothetical protein  32.12 
 
 		 740 aa  291  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0975  hypothetical protein  32.12 
 
 		 740 aa  291  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3072  MscS mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 773 aa  278  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.718015  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  44.17 
 
 		 505 aa  252  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  43.09 
 
 		 321 aa  219  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  27.97 
 
 		 719 aa  211  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 787 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 718 aa  201  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 		 822 aa  201  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 		 822 aa  201  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 		 822 aa  201  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  38.73 
 
 		 767 aa  197  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 864 aa  197  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 		 876 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  28.45 
 
 		 871 aa  196  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  31.13 
 
 		 715 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 717 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  30.92 
 
 		 717 aa  194  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 821 aa  193  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  30.98 
 
 		 701 aa  193  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  35.98 
 
 		 879 aa  192  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0186  MscS Mechanosensitive ion channel  47.37 
 
 		 304 aa  192  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  31.46 
 
 		 735 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 		 762 aa  191  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 		 796 aa  189  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  31.25 
 
 		 735 aa  188  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 		 889 aa  188  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 		 911 aa  186  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  31.12 
 
 		 767 aa  180  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 772 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  27.7 
 
 		 884 aa  178  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0602  MscS mechanosensitive ion channel  36.8 
 
 		 568 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0823902  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 674 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.68 
 
 		 773 aa  174  7.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  38.78 
 
 		 756 aa  172  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  26.42 
 
 		 838 aa  168  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  38.1 
 
 		 771 aa  167  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 837 aa  165  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  39.46 
 
 		 747 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  32.51 
 
 		 858 aa  160  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_002936  DET1579  mechanosensitive ion channel family protein  36.33 
 
 		 455 aa  160  9e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.397271  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1801  MscS Mechanosensitive ion channel  34.32 
 
 		 335 aa  158  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1324  MscS mechanosensitive ion channel  36.91 
 
 		 458 aa  157  6e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00452452  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1456  mechanosensitive ion channel protein  36.48 
 
 		 455 aa  157  9e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000389307  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1378  MscS mechanosensitive ion channel  39.74 
 
 		 342 aa  157  9e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586081  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 693 aa  156  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  37.9 
 
 		 350 aa  154  5.9999999999999996e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1398  MscS Mechanosensitive ion channel  39.82 
 
 		 266 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 757 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 		 288 aa  153  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  38.21 
 
 		 344 aa  152  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  39.25 
 
 		 705 aa  151  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  35 
 
 		 550 aa  151  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3550  MscS Mechanosensitive ion channel  36.96 
 
 		 294 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  36.11 
 
 		 718 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  26 
 
 		 836 aa  148  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  37.16 
 
 		 755 aa  149  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  34.89 
 
 		 356 aa  149  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3962  MscS mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 538 aa  147  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000243935  hitchhiker  0.0037815 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  35.51 
 
 		 716 aa  146  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  35.51 
 
 		 716 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  35.37 
 
 		 784 aa  144  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3421  MscS Mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 		 299 aa  144  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0306302  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1247  MscS Mechanosensitive ion channel  37.99 
 
 		 370 aa  144  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1188  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 549 aa  143  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  32.49 
 
 		 394 aa  143  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 528 aa  143  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 528 aa  143  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 697 aa  143  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 335 aa  139  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1627  MscS mechanosensitive ion channel  33.5 
 
 		 881 aa  138  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  33.57 
 
 		 650 aa  138  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  35 
 
 		 658 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1535  MscS Mechanosensitive ion channel  35.19 
 
 		 336 aa  137  8e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.20239  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3310  MscS mechanosensitive ion channel  35.5 
 
 		 289 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.026322  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3795  MscS mechanosensitive ion channel  37.16 
 
 		 313 aa  137  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.840492  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>