More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1320 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  97.57 
 
 		 717 aa  1355    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  63.23 
 
 		 735 aa  887    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  79.21 
 
 		 719 aa  1157    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 717 aa  1437    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  97.34 
 
 		 715 aa  1350    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  62.25 
 
 		 735 aa  883    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  95.5 
 
 		 718 aa  1340    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  47.41 
 
 		 787 aa  607  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  42.9 
 
 		 767 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  43.45 
 
 		 876 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  42.65 
 
 		 879 aa  524  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  40.94 
 
 		 747 aa  455  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  38.39 
 
 		 762 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  40.48 
 
 		 755 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  40.33 
 
 		 757 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  36.59 
 
 		 771 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  34.83 
 
 		 772 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  36.71 
 
 		 701 aa  405  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  36.29 
 
 		 767 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  35.99 
 
 		 674 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  39.45 
 
 		 756 aa  382  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3072  MscS mechanosensitive ion channel  34.51 
 
 		 773 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.718015  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 801 aa  213  9e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  33.1 
 
 		 822 aa  210  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  33.1 
 
 		 822 aa  210  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  33.1 
 
 		 822 aa  210  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  31.74 
 
 		 864 aa  203  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  35.76 
 
 		 505 aa  203  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 821 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  31.74 
 
 		 871 aa  202  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 		 787 aa  200  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  32.49 
 
 		 766 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 		 753 aa  199  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 		 787 aa  198  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0181  MscS mechanosensitive ion channel  34.2 
 
 		 707 aa  195  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 		 889 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  30.06 
 
 		 858 aa  190  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  28.57 
 
 		 884 aa  188  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  35.32 
 
 		 792 aa  188  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 		 759 aa  187  6e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  32.28 
 
 		 911 aa  187  7e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 837 aa  187  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  28.39 
 
 		 836 aa  186  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  31.41 
 
 		 838 aa  185  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 321 aa  182  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1457  MscS mechanosensitive ion channel  30.22 
 
 		 768 aa  180  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2998  putative mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 826 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  37.18 
 
 		 550 aa  175  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 796 aa  175  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  33.73 
 
 		 693 aa  172  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 790 aa  172  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6137  hypothetical protein  35.44 
 
 		 725 aa  166  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119326  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 716 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 716 aa  164  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  36.74 
 
 		 528 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  36.74 
 
 		 528 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 718 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  34.48 
 
 		 784 aa  161  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2612  MscS mechanosensitive ion channel  38.6 
 
 		 273 aa  159  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3550  MscS Mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 		 294 aa  157  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  33.6 
 
 		 288 aa  156  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  32.29 
 
 		 773 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3962  MscS mechanosensitive ion channel  35 
 
 		 538 aa  154  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000243935  hitchhiker  0.0037815 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0602  MscS mechanosensitive ion channel  31.08 
 
 		 568 aa  154  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0823902  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  37 
 
 		 335 aa  153  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3421  MscS Mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 299 aa  153  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0306302  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0846  mechanosensitive ion channel protein MscS  34.55 
 
 		 537 aa  152  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1247  MscS Mechanosensitive ion channel  36.53 
 
 		 370 aa  151  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  32.01 
 
 		 394 aa  151  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  35.48 
 
 		 350 aa  150  6e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  37.06 
 
 		 658 aa  150  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2549  mechanosensitive ion channel MscS  37.78 
 
 		 342 aa  149  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1627  MscS mechanosensitive ion channel  34.6 
 
 		 881 aa  148  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0186  MscS Mechanosensitive ion channel  34.77 
 
 		 304 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 		 650 aa  147  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 344 aa  147  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  31.69 
 
 		 697 aa  146  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 285 aa  144  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1476  hypothetical protein  30.09 
 
 		 737 aa  144  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  33.85 
 
 		 705 aa  144  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5312  MscS mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 454 aa  143  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.262454  normal  0.518656 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1154  MscS mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 442 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5174  mechanosensitive ion channel family protein  33.08 
 
 		 293 aa  140  7e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5587  mechanosensitive ion channel family protein  33.08 
 
 		 293 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000187397 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5330  mechanosensitive ion channel family protein  33.08 
 
 		 293 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.368223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5158  mechanosensitive ion channel family protein  33.08 
 
 		 293 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1188  MscS Mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 549 aa  140  7.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5726  mechanosensitive ion channel family protein  33.08 
 
 		 293 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0727395  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3310  MscS mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 289 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.026322  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5664  mechanosensitive ion channel family protein  34.67 
 
 		 293 aa  139  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2396  MscS mechanosensitive ion channel  31.44 
 
 		 283 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000120764  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5628  mechanosensitive ion channel family protein  34.67 
 
 		 293 aa  138  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0177271  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11820  small-conductance mechanosensitive channel  32.38 
 
 		 336 aa  137  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1136  MscS Mechanosensitive ion channel  34.07 
 
 		 325 aa  136  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5604  mechanosensitive ion channel family protein  34.22 
 
 		 293 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3795  MscS mechanosensitive ion channel  34.98 
 
 		 313 aa  134  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.840492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5331  mechanosensitive ion channel family protein  34.22 
 
 		 293 aa  134  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0115523  hitchhiker  0.00000270411 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7354  mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 337 aa  134  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1535  MscS Mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 336 aa  134  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.20239  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  34.36 
 
 		 356 aa  134  7.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>