More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3797 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  66.45 
 
 		 889 aa  782    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  56.66 
 
 		 858 aa  824    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  79.61 
 
 		 822 aa  1196    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  79.06 
 
 		 821 aa  1138    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 871 aa  1719    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  60.98 
 
 		 884 aa  842    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  79.61 
 
 		 822 aa  1196    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  98.15 
 
 		 864 aa  1669    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  76.04 
 
 		 837 aa  1065    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  79.61 
 
 		 822 aa  1196    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  39.43 
 
 		 836 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  42.18 
 
 		 911 aa  415  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  34.29 
 
 		 838 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  35.19 
 
 		 796 aa  344  5e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3072  MscS mechanosensitive ion channel  33.91 
 
 		 773 aa  242  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.718015  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 		 701 aa  204  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1457  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 768 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 801 aa  200  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  29.23 
 
 		 767 aa  198  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0181  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 707 aa  198  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 772 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  28.92 
 
 		 766 aa  197  6e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  30.74 
 
 		 767 aa  197  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  36.5 
 
 		 787 aa  196  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  29.32 
 
 		 759 aa  196  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  36.82 
 
 		 879 aa  196  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  32.82 
 
 		 505 aa  194  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.22 
 
 		 718 aa  194  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 753 aa  192  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 876 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  33.79 
 
 		 674 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  31.74 
 
 		 717 aa  190  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 790 aa  190  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  31.85 
 
 		 717 aa  189  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 715 aa  189  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 787 aa  188  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 719 aa  188  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 787 aa  187  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1476  hypothetical protein  28.27 
 
 		 737 aa  184  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  29.09 
 
 		 735 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  29.53 
 
 		 735 aa  183  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  38.59 
 
 		 747 aa  183  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 		 762 aa  177  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  32.27 
 
 		 792 aa  177  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  38.49 
 
 		 693 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  27.76 
 
 		 716 aa  172  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  27.35 
 
 		 773 aa  170  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  27.66 
 
 		 716 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  34.77 
 
 		 705 aa  167  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  38.32 
 
 		 771 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  31.61 
 
 		 756 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0954  hypothetical protein  28.71 
 
 		 740 aa  164  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0975  hypothetical protein  27.9 
 
 		 740 aa  163  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0831  hypothetical protein  28.1 
 
 		 741 aa  162  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0229209  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00775  predicted mechanosensitive channel  28.1 
 
 		 741 aa  162  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2834  MscS Mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 741 aa  162  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.269757  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0863  hypothetical protein  28.71 
 
 		 740 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00792  hypothetical protein  28.1 
 
 		 741 aa  162  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2835  hypothetical protein  28.1 
 
 		 741 aa  162  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.49236  normal  0.59414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0891  hypothetical protein  28.71 
 
 		 740 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0922  hypothetical protein  28.71 
 
 		 740 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.493132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0956  hypothetical protein  28.1 
 
 		 741 aa  162  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0640759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0876  hypothetical protein  27.91 
 
 		 741 aa  161  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000367014  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0863  hypothetical protein  27.91 
 
 		 741 aa  161  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00697122  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 697 aa  159  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 321 aa  159  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2998  putative mechanosensitive ion channel  28.45 
 
 		 826 aa  158  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1627  MscS mechanosensitive ion channel  25.52 
 
 		 881 aa  157  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  38.05 
 
 		 658 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  35.36 
 
 		 718 aa  156  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 755 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1916  MscS mechanosensitive ion channel  37.85 
 
 		 308 aa  150  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 757 aa  148  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0602  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 568 aa  147  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0823902  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  36.1 
 
 		 356 aa  145  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2612  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 273 aa  144  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  35.6 
 
 		 650 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 394 aa  142  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1295  hypothetical protein  27.96 
 
 		 737 aa  142  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.159266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6137  hypothetical protein  31.64 
 
 		 725 aa  142  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119326  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 550 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  34.4 
 
 		 528 aa  138  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  34.4 
 
 		 528 aa  138  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1378  MscS mechanosensitive ion channel  35.47 
 
 		 342 aa  135  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586081  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0540  MscS Mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 582 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 335 aa  134  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  28.37 
 
 		 784 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2549  mechanosensitive ion channel MscS  33.64 
 
 		 342 aa  132  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 350 aa  132  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0940  MscS Mechanosensitive ion channel  35.81 
 
 		 293 aa  132  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.285938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2973  MscS Mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 652 aa  132  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0610  hypothetical protein  30.69 
 
 		 599 aa  130  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1803  MscS Mechanosensitive ion channel  27.86 
 
 		 595 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  0.895337 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1154  MscS mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 442 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  31.46 
 
 		 288 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11550  small-conductance mechanosensitive channel  33.49 
 
 		 316 aa  128  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24600  small-conductance mechanosensitive channel  33.33 
 
 		 337 aa  126  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.503052  normal  0.13458 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3962  MscS mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 538 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000243935  hitchhiker  0.0037815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0186  MscS Mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 304 aa  126  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1535  MscS Mechanosensitive ion channel  31.44 
 
 		 336 aa  124  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.20239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>