More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3348 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  77.87 
 
 		 756 aa  1037    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  95.24 
 
 		 755 aa  1349    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 757 aa  1492    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  45.62 
 
 		 767 aa  515  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  46.12 
 
 		 876 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  45.97 
 
 		 879 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  39.94 
 
 		 718 aa  452  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  40.29 
 
 		 717 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 719 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  40.14 
 
 		 717 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  40.51 
 
 		 762 aa  442  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  40.29 
 
 		 715 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  38.3 
 
 		 735 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  38.01 
 
 		 735 aa  432  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  40.23 
 
 		 771 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  38.66 
 
 		 787 aa  393  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 701 aa  365  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  36.39 
 
 		 674 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  35.1 
 
 		 767 aa  325  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  35 
 
 		 772 aa  323  5e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 		 747 aa  313  5.999999999999999e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  32.77 
 
 		 753 aa  185  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  36.31 
 
 		 787 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 759 aa  182  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  36.04 
 
 		 787 aa  182  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  36.39 
 
 		 766 aa  176  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 889 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  41.55 
 
 		 505 aa  174  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  30.79 
 
 		 836 aa  173  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  40.08 
 
 		 792 aa  173  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 822 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 822 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 822 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0181  MscS mechanosensitive ion channel  32.28 
 
 		 707 aa  170  8e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  29.55 
 
 		 884 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 801 aa  166  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 821 aa  165  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  32.64 
 
 		 796 aa  164  7e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 		 871 aa  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1457  MscS mechanosensitive ion channel  34.3 
 
 		 768 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 		 864 aa  160  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  38.79 
 
 		 550 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 911 aa  157  8e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  35.84 
 
 		 528 aa  154  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  35.84 
 
 		 528 aa  154  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 773 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 		 321 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 858 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 705 aa  151  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 		 790 aa  150  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 		 837 aa  150  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2998  putative mechanosensitive ion channel  37.55 
 
 		 826 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  31.38 
 
 		 697 aa  148  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  38.74 
 
 		 335 aa  146  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  31.94 
 
 		 693 aa  146  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3962  MscS mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 538 aa  143  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000243935  hitchhiker  0.0037815 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6137  hypothetical protein  31.48 
 
 		 725 aa  141  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119326  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 838 aa  140  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0846  mechanosensitive ion channel protein MscS  35.47 
 
 		 537 aa  139  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 718 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 		 344 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2549  mechanosensitive ion channel MscS  35.74 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 784 aa  135  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2612  MscS mechanosensitive ion channel  32.78 
 
 		 273 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0853  MscS mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 327 aa  132  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0593395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2973  MscS Mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 		 652 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0847  MscS mechanosensitive ion channel  35.84 
 
 		 327 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0864  MscS mechanosensitive ion channel  35.84 
 
 		 327 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 650 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 716 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 658 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  26.48 
 
 		 716 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3795  MscS mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 313 aa  128  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.840492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7354  mechanosensitive ion channel  35.21 
 
 		 337 aa  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  35.18 
 
 		 394 aa  127  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13451  putative mechanosensitive ion channel, MscS family protein  30.28 
 
 		 656 aa  127  8.000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 350 aa  126  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0602  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 568 aa  127  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0823902  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5312  MscS mechanosensitive ion channel  30.82 
 
 		 454 aa  125  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.262454  normal  0.518656 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1916  MscS mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 		 308 aa  124  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1154  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 442 aa  124  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0610  hypothetical protein  31.65 
 
 		 599 aa  123  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0186  MscS Mechanosensitive ion channel  37.29 
 
 		 304 aa  122  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1188  MscS Mechanosensitive ion channel  31.17 
 
 		 549 aa  121  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1295  hypothetical protein  30.72 
 
 		 737 aa  120  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.159266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1398  MscS Mechanosensitive ion channel  35.32 
 
 		 266 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1803  MscS Mechanosensitive ion channel  26.86 
 
 		 595 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  0.895337 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0940  MscS Mechanosensitive ion channel  33.62 
 
 		 293 aa  118  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.285938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1226  MscS Mechanosensitive ion channel  31.92 
 
 		 569 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 356 aa  118  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1197  MscS Mechanosensitive ion channel  31.92 
 
 		 569 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2432  MscS Mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 		 307 aa  117  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00547938  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0975  hypothetical protein  34.56 
 
 		 740 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  33.03 
 
 		 285 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0954  hypothetical protein  34.56 
 
 		 740 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  33.02 
 
 		 288 aa  117  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1476  hypothetical protein  29.06 
 
 		 737 aa  116  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1363  MscS Mechanosensitive ion channel  36.29 
 
 		 366 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.207761  hitchhiker  0.0000810048 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5664  mechanosensitive ion channel family protein  31.25 
 
 		 293 aa  115  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5330  mechanosensitive ion channel family protein  31.7 
 
 		 293 aa  115  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.368223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>