More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4584 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 697 aa  1382    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  66.18 
 
 		 705 aa  803    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 		 693 aa  487  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3523  MscS Mechanosensitive ion channel  42.67 
 
 		 703 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0609886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3228  MscS Mechanosensitive ion channel  44.29 
 
 		 704 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  42.43 
 
 		 658 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  43.01 
 
 		 650 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  37.86 
 
 		 718 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  35.53 
 
 		 716 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  35.12 
 
 		 716 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 773 aa  232  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6137  hypothetical protein  45.56 
 
 		 725 aa  226  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119326  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  42.35 
 
 		 784 aa  211  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2973  MscS Mechanosensitive ion channel  43.6 
 
 		 652 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1627  MscS mechanosensitive ion channel  38.91 
 
 		 881 aa  187  8e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 822 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 822 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 822 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3072  MscS mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 		 773 aa  179  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.718015  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  28.25 
 
 		 821 aa  177  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  37.92 
 
 		 884 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  29.22 
 
 		 858 aa  172  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  36.44 
 
 		 762 aa  171  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 864 aa  171  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  36.44 
 
 		 838 aa  168  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 		 837 aa  168  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  28.39 
 
 		 871 aa  168  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  35.76 
 
 		 787 aa  167  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  31.94 
 
 		 889 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 879 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  37.39 
 
 		 321 aa  163  8.000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  37 
 
 		 771 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  33.22 
 
 		 756 aa  159  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  33.1 
 
 		 767 aa  159  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  33.45 
 
 		 876 aa  158  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  25.83 
 
 		 719 aa  157  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 		 836 aa  157  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 772 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 801 aa  156  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  32.69 
 
 		 767 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 766 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  31.42 
 
 		 674 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  31.21 
 
 		 735 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 		 701 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  35.22 
 
 		 753 aa  153  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  33.96 
 
 		 735 aa  153  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.89 
 
 		 718 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 717 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0181  MscS mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 707 aa  152  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  30.77 
 
 		 717 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  34.66 
 
 		 759 aa  151  4e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  31.29 
 
 		 715 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  32.94 
 
 		 796 aa  150  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  32.53 
 
 		 911 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1916  MscS mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 		 308 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  34.07 
 
 		 792 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  34.94 
 
 		 747 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2549  mechanosensitive ion channel MscS  36.11 
 
 		 342 aa  145  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  31.13 
 
 		 755 aa  143  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1631  MscS mechanosensitive ion channel  31.28 
 
 		 414 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.697444 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  36.11 
 
 		 787 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  32.65 
 
 		 505 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  32.76 
 
 		 787 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 757 aa  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 		 288 aa  142  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1378  MscS mechanosensitive ion channel  36.6 
 
 		 342 aa  141  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586081  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 528 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 528 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 550 aa  137  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2998  putative mechanosensitive ion channel  35.53 
 
 		 826 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  34.56 
 
 		 335 aa  135  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 356 aa  134  6e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1154  MscS mechanosensitive ion channel  31.32 
 
 		 442 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 394 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5186  MscS Mechanosensitive ion channel  32.76 
 
 		 600 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000148025 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3421  MscS Mechanosensitive ion channel  32.22 
 
 		 299 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0306302  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1398  MscS Mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 266 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1197  MscS Mechanosensitive ion channel  32.43 
 
 		 569 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1226  MscS Mechanosensitive ion channel  32.43 
 
 		 569 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  32.6 
 
 		 790 aa  129  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 344 aa  127  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0610  hypothetical protein  30.37 
 
 		 599 aa  127  9e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0847  MscS mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 327 aa  127  9e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0864  MscS mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 327 aa  127  9e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  33.04 
 
 		 350 aa  126  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3962  MscS mechanosensitive ion channel  32.51 
 
 		 538 aa  127  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000243935  hitchhiker  0.0037815 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0853  MscS mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 327 aa  126  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0593395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1136  MscS Mechanosensitive ion channel  33.02 
 
 		 325 aa  126  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5312  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 454 aa  125  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.262454  normal  0.518656 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11550  small-conductance mechanosensitive channel  33.18 
 
 		 316 aa  125  4e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11820  small-conductance mechanosensitive channel  32.86 
 
 		 336 aa  124  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0410  MscS Mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 		 372 aa  123  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  28.88 
 
 		 283 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3310  MscS mechanosensitive ion channel  27.92 
 
 		 289 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.026322  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3536  MscS mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 388 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7354  mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 337 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4450  MscS mechanosensitive ion channel  32.48 
 
 		 334 aa  121  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1801  MscS Mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 		 335 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1476  hypothetical protein  31.46 
 
 		 737 aa  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3550  MscS Mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 		 294 aa  120  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>