More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6137 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6137  hypothetical protein  100 
 
 		 725 aa  1458    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119326  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1790  MscS Mechanosensitive ion channel  42.37 
 
 		 716 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.192721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1971  MscS Mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 		 716 aa  233  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170847  normal  0.348628 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3001  MscS mechanosensitive ion channel  42.51 
 
 		 693 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3687  MscS mechanosensitive ion channel  46.85 
 
 		 784 aa  218  4e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276928  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4584  MscS mechanosensitive ion channel  45.89 
 
 		 697 aa  207  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.99351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2401  MscS Mechanosensitive ion channel  46.23 
 
 		 718 aa  206  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0124939 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5133  MscS Mechanosensitive ion channel  46.26 
 
 		 658 aa  206  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538778  normal  0.147558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4049  MscS Mechanosensitive ion channel  45.87 
 
 		 650 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5772  MscS mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 		 705 aa  201  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429261  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0332  MscS Mechanosensitive ion channel  42.29 
 
 		 773 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3228  MscS Mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 704 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2973  MscS Mechanosensitive ion channel  41.91 
 
 		 652 aa  190  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3523  MscS Mechanosensitive ion channel  43.35 
 
 		 703 aa  190  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0609886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1627  MscS mechanosensitive ion channel  37.73 
 
 		 881 aa  177  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1608  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 876 aa  167  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5854  hypothetical protein  36.53 
 
 		 735 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2861  small conductance mechanosensitive channel ion channel  32.29 
 
 		 767 aa  165  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.753072  normal  0.757549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67630  hypothetical protein  36.07 
 
 		 735 aa  165  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1277  MscS mechanosensitive ion channel  36.65 
 
 		 718 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175782  normal  0.44534 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0950  MscS mechanosensitive ion channel  35.95 
 
 		 787 aa  162  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1754  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 879 aa  162  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  36.12 
 
 		 719 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1320  MscS mechanosensitive ion channel  35.44 
 
 		 717 aa  160  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 772 aa  157  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1728  hypothetical protein  34.89 
 
 		 717 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784062  normal  0.0313644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  37.19 
 
 		 767 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3991  MscS mechanosensitive ion channel  35.75 
 
 		 715 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0693455  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3908  putative small-conductance mechanosensitive channel transmembrane protein  37.22 
 
 		 771 aa  152  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.385979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 674 aa  152  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5033  MscS mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 701 aa  150  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149124 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3563  MscS mechanosensitive ion channel  35.12 
 
 		 762 aa  150  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3072  MscS mechanosensitive ion channel  37.9 
 
 		 773 aa  148  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.718015  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1181  hypothetical protein  32.42 
 
 		 884 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.40697 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5420  MscS Mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 		 889 aa  147  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  35.2 
 
 		 756 aa  147  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2189  MscS mechanosensitive ion channel  32.62 
 
 		 821 aa  146  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3624  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 822 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4463  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 822 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3903  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 822 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1224  MscS Mechanosensitive ion channel  31.7 
 
 		 838 aa  144  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1802  MscS Mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 753 aa  142  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.135784  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5311  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 858 aa  142  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021896 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11550  small-conductance mechanosensitive channel  33.33 
 
 		 316 aa  142  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3797  MscS mechanosensitive ion channel  30.58 
 
 		 871 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198076  normal  0.260408 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3278  MscS mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 864 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4680  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 837 aa  140  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 321 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2062  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 747 aa  135  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237724 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2666  MscS Mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 911 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232424  normal  0.397707 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1833  MscS mechanosensitive ion channel  35.16 
 
 		 394 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1514  MscS mechanosensitive ion channel  25.38 
 
 		 836 aa  130  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.767095  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0349  MscS Mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 759 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3001  MscS Mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 755 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.996341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3348  MscS Mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 757 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.703913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0266  small-conductance mechanosensitive channel-like  31.63 
 
 		 505 aa  128  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0068339 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1412  MscS Mechanosensitive ion channel  32.86 
 
 		 550 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0901  MscS Mechanosensitive ion channel  31.65 
 
 		 766 aa  127  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3994  hypothetical protein  34.47 
 
 		 792 aa  127  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.386715 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2549  mechanosensitive ion channel MscS  33.03 
 
 		 342 aa  125  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  37.23 
 
 		 344 aa  125  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1154  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 442 aa  125  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1487  MscS mechanosensitive ion channel  32.29 
 
 		 796 aa  124  5e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1334  MscS Mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 335 aa  124  8e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.158272  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3373  MscS Mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 528 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5312  MscS mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 		 454 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.262454  normal  0.518656 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0544  MscS mechanosensitive ion channel  33.68 
 
 		 787 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2729  MscS Mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 528 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2935  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 282 aa  123  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.863949  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  34.16 
 
 		 288 aa  123  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3531  MscS Mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 		 356 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1895  small-conductance mechanosensitive ion channel  33.68 
 
 		 787 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2054  MscS Mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 350 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1535  MscS Mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 336 aa  122  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.20239  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3421  MscS Mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 		 299 aa  121  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0306302  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2784  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 		 801 aa  120  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2612  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 273 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0410  MscS Mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 372 aa  120  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5330  mechanosensitive ion channel family protein  34 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.368223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5158  mechanosensitive ion channel family protein  34 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5174  mechanosensitive ion channel family protein  34 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5726  mechanosensitive ion channel family protein  34 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0727395  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5587  mechanosensitive ion channel family protein  34 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000187397 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5664  mechanosensitive ion channel family protein  34 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3550  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 294 aa  119  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1136  MscS Mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 325 aa  118  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4634  MscS Mechanosensitive ion channel  31.31 
 
 		 334 aa  118  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0333987  normal  0.045581 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  30.64 
 
 		 285 aa  119  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3104  MscS mechanosensitive ion channel  33.04 
 
 		 790 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5628  mechanosensitive ion channel family protein  30.64 
 
 		 293 aa  117  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0177271  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5186  MscS Mechanosensitive ion channel  28.7 
 
 		 600 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000148025 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1457  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 768 aa  117  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5331  mechanosensitive ion channel family protein  33.17 
 
 		 293 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0115523  hitchhiker  0.00000270411 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5604  mechanosensitive ion channel family protein  33.17 
 
 		 293 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1378  MscS mechanosensitive ion channel  33.02 
 
 		 342 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586081  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0846  mechanosensitive ion channel protein MscS  30.81 
 
 		 537 aa  115  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0847  MscS mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0853  MscS mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0593395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0864  MscS mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0602  MscS mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 568 aa  115  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0823902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>