180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1825 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1825  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 269 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.84 
 
 		 258 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  33.93 
 
 		 235 aa  96.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  33.2 
 
 		 243 aa  92.8  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.48 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.13 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  20 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  30.85 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  20 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  27.98 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4881  putative cyclic-AMP receptor-like protein  30.18 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal  0.139273 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  24.9 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  27.49 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.68 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  26.9 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  26.53 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  26.53 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.7 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.54 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 		 227 aa  55.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  29.52 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.2 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.15 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 225 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.26 
 
 		 222 aa  54.3  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.26 
 
 		 229 aa  53.9  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.28 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0797  cyclic nucleotide-binding protein  29.47 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  27.78 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 231 aa  53.5  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 224 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 224 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 224 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0229  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 224 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  28.82 
 
 		 251 aa  52.8  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 		 241 aa  52.4  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 224 aa  52.4  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 		 236 aa  52.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  25.76 
 
 		 229 aa  52  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 248 aa  52  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.84 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.83 
 
 		 224 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.74 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 249 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.6 
 
 		 220 aa  51.2  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 224 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  28 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.07 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 234 aa  50.4  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  25.13 
 
 		 224 aa  50.4  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  25.71 
 
 		 211 aa  50.4  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  25.71 
 
 		 211 aa  50.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.46 
 
 		 354 aa  50.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  26.79 
 
 		 221 aa  50.1  0.00004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  24.16 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.84 
 
 		 226 aa  50.1  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  24.35 
 
 		 228 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  22.66 
 
 		 214 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 236 aa  49.3  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.33 
 
 		 237 aa  49.3  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 236 aa  49.3  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 232 aa  49.3  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 229 aa  49.3  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  26.09 
 
 		 236 aa  49.3  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 230 aa  48.9  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 230 aa  48.9  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  25.24 
 
 		 211 aa  48.9  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  20.23 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  24.75 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.29 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  24.76 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  24.76 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.09 
 
 		 220 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0675  cyclic nucleotide-binding protein  26.84 
 
 		 240 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35129  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  23.43 
 
 		 215 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  24.76 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  23.04 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  22.66 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2083  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.193038 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4199  cyclic nucleotide-binding protein  25.31 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>