53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0229 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0229  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 250 aa  492  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.07 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  25.85 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  28.44 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 232 aa  53.9  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 231 aa  53.1  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 225 aa  52  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0519  Fnr-like transcriptional activator  26.96 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24 
 
 		 243 aa  51.2  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4828  cyclic nucleotide-binding protein  27.91 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0724019 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 236 aa  49.7  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 225 aa  49.3  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3897  cyclic nucleotide-binding protein  30.11 
 
 		 299 aa  49.3  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 232 aa  48.9  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  25.59 
 
 		 230 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  25.63 
 
 		 228 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 226 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4595  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596625  normal  0.548543 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 		 234 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.13 
 
 		 227 aa  46.2  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  25.7 
 
 		 234 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003608  Signal transduction protein  29.32 
 
 		 626 aa  46.2  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 		 225 aa  45.8  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1971  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 237 aa  44.7  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.644199 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 		 238 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 229 aa  44.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 241 aa  43.5  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.53 
 
 		 235 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0137  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.31 
 
 		 238 aa  43.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 228 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  25.76 
 
 		 245 aa  43.1  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 		 224 aa  42.7  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 238 aa  42.7  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 228 aa  42.7  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.81 
 
 		 225 aa  42.7  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.6 
 
 		 228 aa  42.4  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0051  cyclic nucleotide-binding protein  26.79 
 
 		 629 aa  42.4  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.17 
 
 		 251 aa  42.4  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3340  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 207 aa  42.4  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0648445 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 214 aa  42.4  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  28.09 
 
 		 228 aa  42  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 218 aa  42  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>