More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5695 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
233 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  39.05 
 
 
243 aa  142  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.45 
 
 
243 aa  131  9e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  43.24 
 
 
235 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.17 
 
 
258 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  36.56 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  36.56 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  36.65 
 
 
229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  35.6 
 
 
228 aa  107  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  35.68 
 
 
234 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  35.36 
 
 
230 aa  106  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  35.68 
 
 
234 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  34.04 
 
 
228 aa  105  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
251 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  31.72 
 
 
214 aa  102  7e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
236 aa  97.8  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.77 
 
 
231 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
229 aa  89  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
237 aa  85.5  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
232 aa  85.1  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0519  Fnr-like transcriptional activator  31.4 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.77 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.67 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.39 
 
 
236 aa  82.8  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.26 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
231 aa  81.6  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
231 aa  82  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
219 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.75 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
231 aa  79  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
232 aa  79  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.31 
 
 
235 aa  78.6  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
227 aa  78.6  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.31 
 
 
235 aa  78.6  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.66 
 
 
219 aa  78.6  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.06 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 
224 aa  78.2  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
228 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
218 aa  77  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.65 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.1 
 
 
224 aa  76.6  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.66 
 
 
212 aa  75.5  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.73 
 
 
235 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
224 aa  73.6  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
222 aa  73.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
228 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.5 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.14 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.26 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
228 aa  72.8  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 
225 aa  72.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
218 aa  72  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
234 aa  72  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27 
 
 
231 aa  72  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.24 
 
 
225 aa  71.6  0.000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 
215 aa  71.2  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.18 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
226 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.7 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
227 aa  70.5  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.27 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.89 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.31 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  25.52 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 
259 aa  69.3  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.88 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  29 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  25.52 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  25.82 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  25.52 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  27.69 
 
 
214 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2535  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  25 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>