More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3301 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
229 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  59.03 
 
 
228 aa  286  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  58.08 
 
 
228 aa  286  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  57.64 
 
 
228 aa  286  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  58.48 
 
 
230 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  57.46 
 
 
234 aa  277  8e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  57.46 
 
 
234 aa  277  9e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.23 
 
 
243 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0519  Fnr-like transcriptional activator  35.47 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
258 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  33.63 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  31.84 
 
 
235 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  36.65 
 
 
233 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
234 aa  97.8  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  30.43 
 
 
214 aa  93.6  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
236 aa  92.4  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  29.89 
 
 
228 aa  90.5  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 
223 aa  89  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.66 
 
 
220 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.35 
 
 
243 aa  85.1  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
234 aa  85.1  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
228 aa  84  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
222 aa  84  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  28.7 
 
 
223 aa  81.3  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
219 aa  80.9  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.84 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
232 aa  79.7  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.84 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
238 aa  79  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
231 aa  79  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
223 aa  79  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.89 
 
 
238 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.91 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  29.49 
 
 
231 aa  75.9  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
231 aa  75.1  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.09 
 
 
227 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 
221 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  27.68 
 
 
355 aa  73.6  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 
235 aa  73.2  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
225 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
231 aa  72.8  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
254 aa  72.8  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.97 
 
 
225 aa  72.4  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 
224 aa  72  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  26.83 
 
 
407 aa  72  0.000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.83 
 
 
222 aa  71.6  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.38 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
252 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  24.5 
 
 
222 aa  70.5  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.69 
 
 
231 aa  69.7  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.94 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  27.32 
 
 
217 aa  69.3  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
223 aa  68.6  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.42 
 
 
224 aa  68.6  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.96 
 
 
225 aa  68.2  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.39 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.6 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  24.52 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
238 aa  67  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  23 
 
 
267 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.6 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.33 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
241 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.49 
 
 
227 aa  67  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  26.44 
 
 
210 aa  65.9  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
218 aa  65.9  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
235 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.08 
 
 
225 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  34.78 
 
 
237 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
235 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  24.52 
 
 
224 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.21 
 
 
246 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  25.96 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
224 aa  63.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
241 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.01 
 
 
230 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>