More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0540 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2079  hypothetical protein  44.93 
 
 		 896 aa  743    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0252842  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0540  hypothetical protein  100 
 
 		 868 aa  1761    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.34537  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1535  protein of unknown function DUF214  27.77 
 
 		 967 aa  312  2e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.960064  normal  0.0795907 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1152  protein of unknown function DUF214  27.05 
 
 		 833 aa  230  7e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1517  hypothetical protein  24.16 
 
 		 829 aa  144  6e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.416257  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2149  protein of unknown function DUF214  25.57 
 
 		 831 aa  90.9  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0800  protein of unknown function DUF214  22.85 
 
 		 848 aa  88.2  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7898  protein of unknown function DUF214  36.55 
 
 		 853 aa  83.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1888  protein of unknown function DUF214  31.9 
 
 		 861 aa  81.3  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2385  hypothetical protein  25.28 
 
 		 387 aa  77.4  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00156944  normal  0.95956 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0642  efflux ABC transporter, permease protein  21.84 
 
 		 897 aa  73.9  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.17637 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0558  protein of unknown function DUF214  31.05 
 
 		 831 aa  73.6  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3715  protein of unknown function DUF214  26.09 
 
 		 852 aa  73.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1875  protein of unknown function DUF214  32.89 
 
 		 878 aa  72.8  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0737612  normal  0.417003 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0494  hypothetical protein  24.49 
 
 		 399 aa  73.2  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.355429  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5674  protein of unknown function DUF214  27.07 
 
 		 838 aa  71.6  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172834  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0672  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  22.52 
 
 		 880 aa  70.1  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0495  hypothetical protein  27.18 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4472  protein of unknown function DUF214  22.81 
 
 		 859 aa  67  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0220673  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1848  putative ABC transporter integral membrane protein  29.05 
 
 		 841 aa  67  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.779452  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20480  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  23.39 
 
 		 835 aa  66.6  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  25.87 
 
 		 856 aa  66.6  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2783  protein of unknown function DUF214  24.49 
 
 		 930 aa  65.9  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.15972 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  24.83 
 
 		 854 aa  65.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2604  protein of unknown function DUF214  23.23 
 
 		 871 aa  65.5  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426622  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3709  ABC transporter permease protein  25 
 
 		 404 aa  65.5  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1780  protein of unknown function DUF214  28.49 
 
 		 413 aa  65.1  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1669  hypothetical protein  31.06 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1886  hypothetical protein  24.72 
 
 		 821 aa  65.1  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0637904 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1636  protein of unknown function DUF214  32.65 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1257  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  37.19 
 
 		 642 aa  64.7  0.000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4859  protein of unknown function DUF214  22.07 
 
 		 806 aa  64.3  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08470  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  21.2 
 
 		 859 aa  64.3  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737903 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1085  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  35.34 
 
 		 642 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0457  protein of unknown function DUF214  37.68 
 
 		 407 aa  63.9  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1640  hypothetical protein  36.09 
 
 		 408 aa  63.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  33.85 
 
 		 849 aa  63.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1081  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  32.33 
 
 		 640 aa  63.5  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3610  protein of unknown function DUF214  30.99 
 
 		 410 aa  63.5  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.411205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  33.88 
 
 		 850 aa  63.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0377  ABC transporter related  36.23 
 
 		 1130 aa  63.2  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.339238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2825  protein of unknown function DUF214  36.03 
 
 		 855 aa  63.2  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  35.51 
 
 		 849 aa  62.4  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6962  hypothetical protein  35.77 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0549352  normal  0.280239 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1336  ABC transporter efflux protein  31.79 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0198  hypothetical protein  35.77 
 
 		 411 aa  62.4  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.146044  normal  0.294126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3283  ABC transporter related  32.33 
 
 		 666 aa  62.4  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.477638  normal  0.90811 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0519  hypothetical protein  32.39 
 
 		 367 aa  62  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00443458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0677  ABC transporter, permease protein, putative  29.56 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.297561  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  33.33 
 
 		 849 aa  61.6  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1244  hypothetical protein  19.87 
 
 		 772 aa  61.6  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2043  hypothetical protein  33.06 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2698  protein of unknown function DUF214  25.17 
 
 		 855 aa  61.2  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0506019  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3520  protein of unknown function DUF214  32.56 
 
 		 416 aa  60.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0642417  normal  0.207368 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8136  protein of unknown function DUF214  24.21 
 
 		 855 aa  60.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  29.71 
 
 		 843 aa  60.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1942  protein of unknown function DUF214  36.03 
 
 		 443 aa  60.1  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1958  protein of unknown function DUF214  31.62 
 
 		 413 aa  60.1  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.8831  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0847  hypothetical protein  34.16 
 
 		 855 aa  60.1  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0652  hypothetical protein  28.47 
 
 		 393 aa  59.7  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1822  hypothetical protein  33.33 
 
 		 408 aa  59.7  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.368625  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0780  protein of unknown function DUF214  31.21 
 
 		 401 aa  60.1  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000178318  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1664  ABC transporter, permease protein, putative  28.29 
 
 		 424 aa  59.3  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.45663 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1025  protein of unknown function DUF214  30.22 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.347391 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0724  hypothetical protein  31.62 
 
 		 687 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798634  normal  0.150655 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0331  peptide ABC transporter ATPase  28.47 
 
 		 662 aa  59.3  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0848713  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09961  putative ABC transporter  34.23 
 
 		 409 aa  59.3  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3762  protein of unknown function DUF214  35.29 
 
 		 452 aa  58.9  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7003  protein of unknown function DUF214  30.66 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00437024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1639  hypothetical protein  32.65 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3607  protein of unknown function DUF214  33.1 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.123498  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1073  hypothetical protein  29.37 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.418174 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4954  ABC transporter related  31.62 
 
 		 681 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0415826  normal  0.0801144 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2588  protein of unknown function DUF214  34.17 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000760178  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2041  ABC transporter, ATPase subunit  35.83 
 
 		 645 aa  58.5  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.568421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0990  ABC transporter efflux protein  35.77 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0048907  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  29.37 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1857  ABC transporter related  31.72 
 
 		 885 aa  58.5  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0462324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2353  hypothetical protein  32.61 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0317292  normal  0.0674472 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4776  hypothetical protein  22.05 
 
 		 857 aa  58.5  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5332  ABC transporter related  31.62 
 
 		 681 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305255 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4489  protein of unknown function DUF214  33.57 
 
 		 839 aa  58.2  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2787  putative ABC transport system permease protein  28.87 
 
 		 394 aa  58.5  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000544033  hitchhiker  0.000418311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1856  hypothetical protein  30.71 
 
 		 657 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.804501  normal  0.550352 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2282  ABC transporter, permease protein, putative  31.58 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0229478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3782  ABC transporter related  30.25 
 
 		 654 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.972642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3413  hypothetical protein  31.62 
 
 		 373 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.779659  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0949  hypothetical protein  34.43 
 
 		 825 aa  58.2  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0156534  normal  0.194364 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  30.07 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0065  hypothetical protein  30.04 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1684  ABC transporter related  32.77 
 
 		 656 aa  57.8  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0999  protein of unknown function DUF214  25.07 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000110671 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0434  hypothetical protein  30.5 
 
 		 425 aa  57.8  0.0000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0635  ABC transporter, inner membrane subunit  25.05 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000706682  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2810  ABC transporter related  33.33 
 
 		 715 aa  57.8  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.780778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2300  protein of unknown function DUF214  22.32 
 
 		 834 aa  57.8  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183109  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 844 aa  57.8  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0193  hypothetical protein  30.13 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00183424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4848  hypothetical protein  34.75 
 
 		 413 aa  57.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0956312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2932  hypothetical protein  29.08 
 
 		 390 aa  57  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000965565  normal  0.65467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>