199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1315 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1315  hypothetical protein  100 
 
 
254 aa  526  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  37.91 
 
 
218 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.79 
 
 
224 aa  90.1  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.89 
 
 
224 aa  85.9  5e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.99 
 
 
226 aa  85.5  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0512  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.4 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.03 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  22.03 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.11 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.35 
 
 
225 aa  79.3  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.01 
 
 
225 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.68 
 
 
224 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.94 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.28 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.17 
 
 
242 aa  73.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.47 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  22.91 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.47 
 
 
224 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.59 
 
 
224 aa  72.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.47 
 
 
224 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.47 
 
 
224 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.78 
 
 
228 aa  71.2  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.57 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.61 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.25 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  21.7 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.97 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.39 
 
 
220 aa  69.7  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.78 
 
 
241 aa  69.3  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.62 
 
 
218 aa  69.3  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.68 
 
 
224 aa  68.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.58 
 
 
251 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.95 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.15 
 
 
243 aa  67  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.88 
 
 
222 aa  67.4  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  21.15 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  18.94 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  22.7 
 
 
228 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  21.24 
 
 
224 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.16 
 
 
219 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.6 
 
 
236 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.16 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.5 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.47 
 
 
226 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.67 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.03 
 
 
223 aa  63.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.08 
 
 
225 aa  62.8  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.96 
 
 
218 aa  62.8  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.88 
 
 
225 aa  62.4  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  22.03 
 
 
226 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.42 
 
 
249 aa  61.6  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  25 
 
 
352 aa  61.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0884  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.53 
 
 
214 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.163926  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.12 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.48 
 
 
225 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.17 
 
 
257 aa  60.8  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  20.28 
 
 
222 aa  59.7  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.81 
 
 
246 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  22.42 
 
 
227 aa  58.5  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.21 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  20.78 
 
 
224 aa  58.5  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.12 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.37 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  24.37 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.87 
 
 
229 aa  56.2  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  20.7 
 
 
225 aa  55.8  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.26 
 
 
225 aa  55.5  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.68 
 
 
254 aa  55.5  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.35 
 
 
225 aa  55.1  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.82 
 
 
219 aa  55.5  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 
226 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  20 
 
 
234 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.53 
 
 
228 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2833  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.27 
 
 
213 aa  53.1  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0320601  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.89 
 
 
225 aa  52.8  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  22.9 
 
 
236 aa  52.8  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.7 
 
 
216 aa  52.8  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.53 
 
 
222 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.27 
 
 
230 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.28 
 
 
222 aa  52.4  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.91 
 
 
243 aa  52.4  0.000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.94 
 
 
224 aa  52.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1859  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.95 
 
 
220 aa  52.4  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.43 
 
 
219 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.39 
 
 
227 aa  51.6  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  18.93 
 
 
220 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  20.43 
 
 
261 aa  50.8  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27700  putative transcriptional regulator  25.64 
 
 
241 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0112492 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.1 
 
 
229 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  18.99 
 
 
227 aa  51.2  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
230 aa  50.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0800  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23 
 
 
224 aa  50.8  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0302672 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1507  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24 
 
 
227 aa  50.1  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00368382  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.79 
 
 
226 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 
234 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.71 
 
 
233 aa  50.1  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.44 
 
 
226 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>