More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4138 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 234 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 234 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  63.96 
 
 		 224 aa  291  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  55.45 
 
 		 222 aa  257  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  52.53 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  54.25 
 
 		 259 aa  247  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 234 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.33 
 
 		 272 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.86 
 
 		 261 aa  202  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 235 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 272 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  46.7 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 253 aa  197  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 251 aa  197  9e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.67 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  42.34 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 265 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  44.81 
 
 		 248 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.7 
 
 		 248 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 242 aa  188  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  44.81 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  44.81 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  44.81 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  44.61 
 
 		 285 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.43 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.92 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  48.3 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  44.28 
 
 		 281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.92 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  48.3 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  47.73 
 
 		 304 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  43.78 
 
 		 284 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43.78 
 
 		 284 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43.78 
 
 		 284 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.32 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  47.16 
 
 		 299 aa  181  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43.53 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  47.06 
 
 		 262 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  47.06 
 
 		 259 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 231 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.5 
 
 		 161 aa  145  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 255 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.59 
 
 		 239 aa  91.7  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 		 239 aa  91.7  9e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  29.25 
 
 		 251 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 		 251 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  29.25 
 
 		 251 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 241 aa  89  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 		 251 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 		 251 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 235 aa  88.2  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 235 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  28.84 
 
 		 266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  27.5 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.76 
 
 		 237 aa  85.5  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  85.5  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  85.5  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.32 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.23 
 
 		 225 aa  81.6  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 241 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  29.32 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.06 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 230 aa  72  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.28 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25.26 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  32.75 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.18 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  27.04 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.97 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  26.96 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>